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Hán gốc
No. 381-A 刻藥師經直解敘
《淨名》云：「以一切眾生病，是故我病；當一切眾生病滅，則我病滅。」大哉！菩薩哀憫眾生之深慈，何其至也！《藥師本願功德經》者，脫病鍵之神方，活慧命之秘訣。曩者我佛遊化廣嚴城，詶妙吉祥之請，宣明斯典，逗像末之機宜。自從三藏譯傳以降，蕩蕩乎衣被天下，緣合時熟，聞持頗眾，蓋以聖經簡易，功悳叵大也。近載有浙江古清涼沙門靈耀者，消息乎止觀之場，婆娑於篇籍之囿，以無言言，作無解解，科釋是經，目曰「直解」，文光燦然，自有貫斗牛之氣。余因將諸家之疏反復披閱，而知耀公之釋別出手眼，聿輙不自揆，挑點其傍，付諸梓生，永傳於世也。夫一切眾生抱三障之錮疾，受六道之輪迴，不知幾經劫數。青帝寶佛徹困婆心，乃乘十二願輪，隨緣赴感，無不治之。猗歟！古佛慈悲之方，超出上池之水也遠矣。爭奈人心薄劣，且無遠識，其祈求也，動惟以長壽富饒為念，擔麻棄金，寔堪慨嘆。安知且遂三界之倒願，漸次誘引嘉謀，而旨歸皆本甚深行處而來。於戲！苟得其本，則末自治；苟失其本，徒干長壽富饒等事，豈不昧醫王度生本願之意也哉！
貞享丙寅三年孟秋望旦湖東安養律寺比丘慧堅戒山合十譔
No. 381-B 藥師經直解敘
東漸聖教，每多註疏，如《金剛》、《楞嚴》，動輒百十，而《藥師》無解，何哉？古人意謂秦燔經而經存，漢窮經而經亡，牽於曲士蔓說耳。此經起盡，只一三法，如日月在天，有目皆見，直捷顯了，無事解釋也。余既解矣，而云直者，不曲之謂也。曲引勉證，句貼字訓，而正義反晦不直矣；汎扯成文，播弄講口，而三德全庋不直矣。茲惟隨經直示體、宗、用法，為眾生之三因，即果人之三德，俾造脩者，可依之開解，可憑之起行，如日光明照，見種種色而已。不敢曲注蔓解，以粖聖經者，亦解即無解，仰體古人無事解釋之意也。
己酉人日天台比丘靈耀書於魏塘之智證方丈
No. 381-C 藥師經直解科
△科分為(二)一總題(藥師)
二別文(三)一序(如是)
二正宗(二)一問(二)一問佛名差別(爾時)
二問法門功德(及本)
二答(二)一許說(二)一讚許(爾時)
二領受(唯然)
二正說(二)一答藥師琉璃佛號(佛告)
二答本願功德法門(二)一正答本願功德(二)一詳出十二大願(三)一標(曼殊)
二釋(三)一滅諦二願(第一)
二道諦三願(三)一慧(第三)
二定(第四)
三戒(第五)
三苦集七願(三)一先出三苦(三)一根缺(第六)
二貧窮(第七)
三女身(第八)
二間示一集(第九)
三重明三苦(三)一刑戮(第十)
二無食(十一)
三無衣(十二)
三結(曼殊)
二結示功德莊嚴(三)一結廣(復次)
二示略(二)一依報(然彼)
二正報(於其)
三勸生(是故)
二委明功德利樂(二)一聞修遍拔三障功德(二)一詳與㧞功德(三)一約聞名以顯功德(二)一拔三毒功(三)一轉愚癡(二)一貪癡(爾時)
二邪見(復次)
二轉貪嫉(復次)
三轉瞋惡(復次)
二生二善德(二)一助生淨善(二)一深生淨土(復次)
二淺報人天(或有)
二女轉男身(若是)
二約神咒以顯功德(三)一示意(復次)
二正說(二)一入定(時彼)
二說咒(光中)
三結勸(二)一略結功德(爾時)
二廣結勸修(曼殊)
三約修供以顯功德(二)一略示功德(二)一修供生善德(復次)
二傳通滅惡功(三)一發願通經(爾時)
二傳通滅惡(世尊)
三法王印可(佛告)
二廣顯功德(二)一先示儀式(曼殊)
二正明功德(二)一廣生善德(隨所)
二廣滅惡功(五)一滅夢想諸患(若復)
二滅情無情怖(或有)
三滅盜賊侵擾(若他)
四滅破戒墮惡(復次)
五滅產難極苦(或有)
二出功德宗本○
二像法別轉報障利樂○
三流通○
○二出功德宗本(二)一示甚深本體(二)一直示用即深體(爾時)
二復約三慧揀顯(三)一約難信顯體(三)一問(汝為)
二答(阿難)
三述成(佛告)
二約難解顯體(阿難)
三約難聞顯體(阿難)
二示行願妙宗(阿難)
○二像法別轉報障利樂(二)一正明轉障利樂(二)一略明修供轉障(二)一正明(二)一出命終報苦(爾時)
二明修供轉報(時彼)
二結勸(是故)
二廣明修供轉障(二)一廣明修供儀式(二)一問(爾時)
二答(二)一示式(救脫)
二結功(可得)
二廣出所轉報障(二)一轉天子七難(復次)
二轉臣民眾苦(若帝)
二結釋轉供義意(二)一釋能轉所以(二)一正示九橫(二)一略明(二)一問(爾時)
二答(救脫)
二廣示(二)一問(阿難)
二答(二)一委明初橫(救脫)
二隨示八橫(二者)
二結指無量(是為)
二結須供所以(復次)
○三流通(三)一證護流通(爾時)
二結名流通(爾時)
三結益流通(時薄)
耀僧定
No. 381
藥師瑠璃光如來本願功德經直解
天台苾蒭 靈耀 撰
△一、總題。
藥師瑠璃光如來本願功德經
首題乃一經之綱要、眾義之指歸，不可不深長思，不可不簡易示。此經佛示三名：一偏拔除業障一、屬證護流通，俱不能冠戴初後，存而不論可也；獨藥師瑠璃光如來本願功德一題，則範圍眾義，彌綸一經，總別相符，於斯為美，尋名識旨，五義瞭然。若欲直示，則以人法為名，諸佛甚深行處為體，願行方便為宗，與拔功德為用，大乘生酥為教相。
初、釋名，有通有別。先解別名。藥師瑠璃光如來是人名，本願功德是法名，而皆具足三法秘藏。藥師者，良由九界眾生具足報病、業病、煩惱病，以欵如來同體大悲，故不獲已，得得出世，用戒定慧法藥遍療眾瘵，名之為藥。報病者，眾生假四大以為身，則一大不調，百一病起，四大不調，四百四病陡然而興。《金光明》復論四時外感、寒暑違和，身為苦本，苦以逼身，廣之則成無量惱身惡疾，所謂天下無無罪眾生，故天下無無病眾生也。此則宜用世間歸戒十善等藥以治病本，更用金石草木之藥以治病表。業病者，即眾生所搆殺盜婬妄、五業十惡等罪，此係現行惡因，發於身口七支、架造無邊大罪，宜用欲定未到、四禪八定等藥，以息身口粗惡。煩惱病又有三：一見思病，二塵沙病，三無明病。當用二十五王三昧中即空藥以治見思病，即假藥以治塵沙病，即中藥以治無明病。然雖藥能治病，苟或用不得人，則藥反成害，縱是醍醐，亦成毒藥。如舊醫乳藥，魔外邪治，非徒無益，而又害之矣。今藥而稱師者，正重能用藥人。夫能行不能說，國之用也；能說不能行，國之師也；能說能行，國之寶也。如來則行說兼優，雖大醫不治、小醫拱手者，法藥一逗，沉疴頓起，誠為人師國寶，故云藥師。在《涅槃》名新醫，在《法華》名良醫，或名藥王，或名醫王、大醫王等，寔名異而義同也。但佛治病時，十身隨現，不滯一隅，如秦越人，醫無定術。若治報病，即現為流水長者子、祗域神農、越人倉公等，精望聞問切之妙，擅神聖工巧之名，識寒熱溫平之藥，察虗實寒熱之病。如三事出假，藥到病除，起膏肓於彈指，能肉骨而生死之者，方為世間藥師。若治業病，則現入深禪大定，為三界天王，如天人丈夫觀世音、大梵深遠觀世音，或為三藏如來等。而諳練法藥，對治眾症，多貪者授以不淨，多瞋者授以慈悲，乃至一切處定之人授以非非想藥，不令味住暗證。譬如御馬，亦愛亦策，調護得宜，不同數息不中塚人，不淨錯施爐韛者，即為禪定劣應之藥師。若治煩惱病，即現法報應身說，即空觀藥治見思病，即假觀藥治塵沙病，即中觀藥治無明病，如止觀破法，遍中所用，方為無上藥王。《法華文句》第十種良醫，方名藥師。娑婆釋迦，東方正覺，唯佛與佛乃能究用，非下地能擬，唯除一生所繫，差許仰窺耳。又復應知，既言藥師功在拔苦，宜名斷德之用矣。然病既差已，自爾翛然累表，成解脫德也。
藥師而復彰瑠璃光之號者，三觀法藥得力，即能治三障之病，開三智大光明藏，所謂垢盡明生，淨極光通也。若世藥治報病而有光，則如經中樵夫擔薪入市，內一枝光明外現，識者售而檢出，乃藥樹王身，遍治眾病。東土神農，身如瑠璃，內外明徹，凡吃世間金石草木八萬四千藥草，皆見入何經絡，治何病症，有毒無毒，以定本草為真丹用藥鼻祖。秦越人飲上池之水，能見垣一方，視病結癥，人有光也。不但人有其光，即藥力得効，自爾有光。如人長服補天大造人參等藥則面有白光，盲人遇藥則得光明，此皆世間醫藥得力，治報病而有光明者也。若出世戒定慧六度之藥得力，槩有光明，如比丘受戒臨壇，四羯磨成，十方諸佛無作戒光如雲如蓋，注入行人頂門，名為得戒，天眼能見。若圓大戒，則《梵網經》戒名第一義光，光非青黃赤白，非色非心，非因果法，此服戒藥得力而有光。即定亦然，二十八天皆從定生，而天天自有身光，或名少光、無量光，光音不同，總屬靜極光通，服定藥得力而有光明也。若六度中修之有光，如迦葉紫光尼，因施生光；持戒者自有戒光煥發；忍極光生；精進光發，一切眾生喜見菩薩燃身供佛，光燭法界，名真精進；禪定有光，如四天、忉利及上八定，皆有光明；智慧之光甚多，若與今佛合志同方者，如《涅槃經》琉璃光菩薩放青光至釋迦座前，此光即名智慧。此服六度之藥得力而有光也。若服三觀上藥得力而有光，則此光本是般若，最能照破暗病，有大光明，但得之者淺深大小不同。日光明照，見種種色，則夜遊者伏匿，作務者興成，大人蒙其光用，嬰兒喪其睛明，是菩薩般若智光也。日既入已，則月能照夜，清涼朗燭，即《涅槃》月愛三昧也。夫日月若出，則爝火無庸，倘遇死魄、傍死魄。聖賢月沒，則惟賴星光。古云「春星帶草堂」，即星光照夜明也。若三光掩曜，則藉燈明。千年暗室，一燈能破。鑿壁分光，尚能作成人事，況然燈普照哉？燈或未燃，而中宵黑月，雲霧晦暝，則雖電光時促，亦能破暗。若光極小，而能照物成功，又如螢火之光也。藥師補處，位居亞聖，同心輔弼，故如日光、月光。而藥王、藥上，夙與藥師同業同心，名星宿光。疇昔太子初生，身光不息，乃名然燈、錠光。若世第一後心，一剎那引入見道，時節甚促，是名電光三昧。波離螢光，二乘螢火，以有法緣慈悲，隨世利物，故二乘之智，皆名螢火，不及日光也。如上所得光明，或折空，即空即假，分中不同，而只一般。若智光，分破三惑暗病，以顯三諦妙理，所謂無為法而有差別也。若極果藥師名瑠璃光，則與西方無量光同一，徹晝夜以長明、亘古今而朗曜，究顯大光明藏之般若德也。問：既是同顯般若，何不同名無量光耶？答：瑠璃具足，應云吠瑠璃，翻為青帝寶。藥師在東方，東方屬青，故色宜青。況震方為羣動之首，甲木又發生之象，以藥治病，貴乎起死回生，不當同金方肅殺之號也。此由法題中了因大願發心而成之般若德。
如來者，即法身本體，乃法題中本字。蓋以境如如智、智如如境，境智冥一、境智雙忘，而隨緣感叩，來成正覺，廣治眾病。若成應身如來，則用戒定慧析體即空智藥，以治眾生報業見思之病，為藏通藥師。若成報身如來，則用三事出假道種智藥，以治眾生塵沙諸病，為別教藥師。若成法身如來，則用一心三觀智藥，治眾生無明重病，為圓教無上藥師也。由此三如來，方能用三智光藥，以治眾生三障之病，得三藥師之號。有此三智藥，徧治法界三障，方成三如來之身。三法相須，缺一不可，合則雙美、離則兩傷矣。又三如來即法身本體具三，三般若即般若瑠璃光具三，而三藥師又功用解脫具三。三各具三，離之成九，而一一三中，互有主賓傍正不同。如傳佛心印所明，則雖九而三，三即是一，合離自在，成圓三德也。
本願功德，即上三德果人所成圓融三法，亦由此圓融三法能成三德果人。本即法身正體，或名本真、本性、本心、本覺、本源、本際、本體、本地、本來、本智、本願、本明、本根、本然、本法、本有、本如來藏、本地，甚深不同，而只指至聖究盡圓滿德本。若欲依本造修，不無詮次，所謂本因、本果、本國土、本壽命、本涅槃、本感應、本神通、本說法、本眷屬、本利益。書云：「君子務本，本立而道生。」故凡自行因果、化他能所，均不離斯法身大本也。十方菩薩，因究竟此本，故名如來，即別文中諸佛甚深行處是也。願即了因之宗，如上正因經體，雖十界本周，若無了因發心，則素法身天人忽劣，要須修成報智，始為奇特。今以四弘誓願，六度熏修，福慧莊嚴，則本覺彰，而了因般若之光亦稱本無盡，名瑠璃光矣。經云：「無量菩薩行，無量菩薩願」是也。功德二字，乃宗成妙用。世間諡法，祖有功而宗有德，則以滅惡拔苦為功，撫字生善為德。如來因中，以王三昧力，遍破三障之惡，遍生三德之善。境智冥後，復以本功德藥，遍治眾生三障病苦，普與眾生三德妙樂。凡經中聞名、受持、神呪等項，率以拔苦與樂為言，而普令一切皆得翛然累表之大解脫。夫病去飛昇，苦盡樂證，是法藥得力，而醫王奏功矣，故褒之以藥師之號也。是則由因中與拔功德而成藥，即由因中願行莊嚴而顯瑠璃光，由因中修不離性，萬行得本，而成果上如來也。非三德之妙法，不能成三法之妙人；非極果妙人，不能弘圓融三法。人法雖異，秘藏實同也。又復應知人能弘道，非道弘人，故人題居先，而法名殿之。問：此經既始終只一三法秘藏，胡宗體之言少，而功用之言多耶？須知如來歷劫修證，境智內冥，如人飲水，冷煖自知，不必委示。縱為盲人說乳，何益無目者哉？故不須多說，略點即足。至於同體大悲，果後方便，只為拔生之苦、與生之樂，是以功德妙用理當委明也。況兩楹之間，點出與拔宗本，令解一一無非宗成所起全體大用，則行行無非實相，事事均會妙宗。故多亦三德，少亦三德，政不在語言多少間也。
經者，別名。既同一三法，則通名經字，即教經、行經、理經，不言可知矣。具如《妙玄》、《觀經疏》。若稽此經來由，則釋迦說於方等時中，而宋孝武時，鹿野寺沙門慧簡初譯。隋大業十一年，達磨笈多同翻經沙門法行等，於東都洛水南上林園翻經舘重譯。至唐三藏法師玄奘，筆正流通，只有顯教，而無密呪。至唐義淨三藏法師，譯《七佛經》來，內有密呪。後人取義淨所翻神呪，及呪前數語，呪後乃至菩提等四百餘字，置玄奘本內，彌彰與拔用周，而顯密圓通矣。釋名竟。
二、以諸佛甚深行處為體，即是果人究盡寂光妙境。此境離塵，不屬因果，而為因果所依。如《華嚴》普光明智，《楞伽》自覺聖智。普智乃於等妙之後別立，則顯此境本非因果，而為等妙因果所依。即大乘因者，諸法實相；大乘果者，諸法實相。實相元非因果，而為因果所趣也。而云諸佛行處，顯非在迷共有素法身而已矣。須知共有實相，未嘗非體。但今日欲令行人依之起修，必當攬果覺而為因心，以無上寂光為觀體，不可仍說在迷通體，所謂取法於上也。諸佛即題中如來，行處即題中本字，餘俟釋文中明。
三、以願行方便為宗者，經云：「彼佛無量菩薩行，無量菩薩願，無量善巧方便，說不能盡。」願有總別，總則三弘，別分十二，莫非了因始覺觀照軌，所謂發僧那於始心也。行則六度，由之填願，由之顯體，由之克果，所謂終大悲以濟難也。如此因果，具有萬行眾願，復是圓頓上人所修，故云無量菩薩行，無量菩薩願。願行既窮，報智斯顯，成瑠璃光妙宗矣。又云無量善巧方便者，如來因中，以種種妙權方便斷惑證理，果成之後，復以種種大權方便，普度眾生，如十二大願，及聞名供養，均得利益等是也。
四、以與拔功德為用者，此經始終只明拔苦與樂，十二大願總依四諦，依道滅五願是生善與樂，依苦集七願是滅惡拔苦，至聞名功德中拔三毒惡與二善樂，受持供養中約廣略以明與拔功德，光中神呪則與拔竝申，經末雖似象季別轉報障偏於拔苦，然此悲體圓拔苦義必與樂，如是原始要終俱明與拔功德之用，而一一不離甚深行處，則無往而非全體大用，此用既薄如阿伽陀藥，沾之者必蒙解脫也。在法題則曰功德，在人題則曰藥師，不其然夫。
五、以大乘生酥為教相者，人法題名既同圓妙秘藏，則體、宗、用、法、義竝從圓起盡。現文一往判歸三教，而即諸佛行處，誰曰不即圓乘？釋總題竟。
△二、別文，分三：一、序，二、正宗，三、流通。今序。
如是我聞：一時，薄伽梵遊化諸國，至廣嚴城住樂音樹下，與大苾蒭眾八千人俱，菩薩摩訶薩三萬六千，及國王、大臣、婆羅門、居士、天龍八部、人非人等，無量大眾恭敬圍繞而為說法。
此五事通證諸經，而以遊化諸國，圍繞說法，兼得緣起序。薄伽梵，含自在、熾盛、端嚴、名稱、吉祥、尊貴六義，五種不翻中，多含不翻也。然不出佛名，而列薄伽梵者，有二義：一以顯世尊盛德彌多，一以表此經顯密具足，名含六義德多也。薄伽梵之名出密部，如《瑜伽》中曰巴葛瓦帝，或曰癹葛瓦，或曰薄伽伐帝，即是今薄伽梵義，但梵音有楚夏奢切之不同耳。良由今經不但顯本願功德，而復有密呪破惡之益，故存密部之號。遊化諸國，足見如來弊屣天下，無上道成，竟忘自己金輪尊貴，法王無上，而以同體大悲，入泥入水，悽悽惶惺，教化眾生，初不凝滯於一方一隅之繫戀。孔子為東西南北之人，蘇張為燕趙齊楚之客，正如蒼梧一片雲，或隨風而東，或隨風而西。《易》云：「不家食，利有事於四方」之謂。蓋大聖賢自覺己圓，復欲覺人，靡不舍己從人，隨緣攝化。書云：「予天民之先覺者也，予當以斯道覺斯民也。若匹夫匹婦，有一不蒙堯舜之澤者，若己推而置之溝中。」故不忍一日之席煖墨黟也。即化之一字，乃化有歸無，化生成熟，化凡入聖，化偏會圓，化權歸實，五時調停，一乘載導，皆仰如來四悉普化而成褫之也。諸國則通於十六，而嚴城則定於毗耶，樹下即說法親依之處。當時六年苦行，無上道成，藉乎草樹，及覓機擬法，則觀樹經行。今遊化息足，亦不離樹。葢塚間樹下，易起無常，且無覆葢係戀之累。故佛律中十二頭陀，率以塚樹為住止處。其猶孔子之杏壇乎，各有所取之矣。此樹在毗耶黎城，雖名樂音，未必稱實。但處隨法轉，境逐心移。若俗人至此，則惟苦風雨瀟瀟，思鄉千里，縱有好音，亦成苦境。所謂風聲鶴唳，俱是晉兵矣。今法王到處，雖櫛風沐雨，尚是住境。何況坐茂樹以終日，披雄風而微涼，自覺其風吟寶樹，將天樂而同繁矣。苾蒭草含五德，喻淨眾可知。常隨中苾蒭菩薩，如風虎雲龍，同佛威儀，固其宜矣。至於國王臣民，有國有家者，豈無正務，亦隨集樹下耶。須知悉達太子，乃金輪聖王，四方皈德，萬國來王。富有四海，貴為天子者，尚棄去尊貴，甘心苦行，況其下者乎。故其下王臣，莫不仰効法王，不躭富貴。所謂其君好發者，其臣決捨。如風行草偃，皆能輕家重法，從佛轉輪也。比如國王曰：「何以利吾國？」則大夫必曰：「何以利吾家？」而士庶人必曰：「何以利吾身？」上下交征利而不顧義矣。至於天龍八部，亦忘却自己多福多能、多嗔多伎，而為佛禦侮。正同如來初成正覺，在寂滅道場，四十一位法身大士，及宿世根熟天龍八部，如陰雲籠月一般，蕭蕭風木之下，儼然實報莊嚴土矣。樹名樂音，不亦宜乎。而為說法者，當是說西方本願功德，而為說東方本願功德之緣起也。
△二、正宗，二：一、問，又二：一、問佛名差別。
爾時，曼殊室利法王子，承佛威神從座而起，偏袒一肩右膝著地，向薄伽梵曲躬合掌白言：「世尊！惟願演說如是相類諸佛名號。」
爾時，指說《彌陀經》畢時也。如是相類，類即同也，謂同於西方如來名號也。
△二、問法門功德。
「及本大願殊勝功德，令諸聞者業障消除，為欲利樂像法轉時諸有情故。」
本願功德，即是問法門不同。「令諸聞者」下，乃出求說之意。意在大悲益人而請，非但好博喜多而已也。須知此問，即一經大破承題。初問佛名，即攝得題中藥師瑠璃光如來。次問法門，即攝得題中本願功德。向下如來開示一大卷經，只完得佛名、功德二章。至於像季轉報利樂，乃法門功德中事，非離題外別有所說。如此方顯總別相收，義只是一。或有離題別立除障利樂之說，則是總別徑庭，互不收攝。非徒文不如，而且理不是矣。
△二、答，三：一、贊許。
爾時，世尊讚曼殊室利童子言：「善哉！善哉！曼殊室利！汝以大悲勸請我說諸佛名號、本願功德，為拔業障所纏有情，利益安樂像法轉時諸有情故。汝今諦聽，極善思惟，當為汝說。」
為拔業障二句，乃釋明大悲勸請語。極善思惟者，以此經所說願行功德，雖似世諦淺近之談，要其旨歸，一一皆本諸佛甚深行處而來。當以實相心行世間事，則事事無非實相；以圓妙心聽佛說法，則法法無非圓妙。苟不善思，則恐墮於深經淺解，故當誡之。
△二、領旨。
曼殊室利言：「唯然！願說！我等樂聞。」
△三、正說，分二：一、答藥師琉璃佛號，二、答本願功德法門。今初。
佛告曼殊室利：「東方去此過十殑伽沙等佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光如來、應、正等覺、明行圓滿、善逝、世間解、無上士、調御丈夫、天人師、佛、薄伽梵。」
殑伽即恒河。《七佛經》中，從四殑伽數至第七尊，則正過十殑伽沙佛土。此河名天堂來，有二因緣：一、是天女下主此河，由神彰名，故名天堂來。《大品》中有〈河天品〉是也。二、由此河之水，從阿耨達池分流而下，發源處高，人民不測其源，故名此水為天堂來。秖如我土之水，皆由雪山發來，至積石山高峻，水入地中，行至黃河口上湧出，為中國水源。而世人亦不知其發源由來，但曰黃河之水天上來耳。夫下難測上，奚翅水哉？即今《西天目誌》載：「人居山頂，但見山下一片白雲中，作嬰兒鳴。而山下人，已見天上轟雷大雨，不可測識矣。」上答佛名竟。
△二、答本願功德法門，分二：一、正答本願功德，二、委明功德利樂。初又二：一、詳出十二大願，又三：一、標。
「曼殊室利！彼世尊藥師瑠璃光如來，本行菩薩道時，發十二大願，令諸有情所求皆得。」
△二、釋。凡諸別願，皆約四諦。願不依諦，名為狂願。故今佛十二，亦即四諦也。或謂十二願中，一一具四，則須於苦中增樂、樂中贅苦，扭合勉強，不順現文。現文灼然是四諦義，不可約混濫釋也。分三：一、依滅諦二願。
「第一大願：願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明熾然照耀無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相、八十隨形莊嚴其身，令一切有情如我無異。」
「第二大願：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴過於日月，幽冥眾生悉蒙開曉，隨意所趣作諸事業。」
此二願即佛道無上誓願成，熾然照耀，如淨瑠璃光明功德。焰網莊嚴者，正成報身佛道，如《華嚴》之雲臺寶網，《法華》之光明遍照身也。若論小乘四諦，以苦集滅道為次第，則藏教聲聞以苦為初門也，若緣覺以集為初門，菩薩以道為初門，通菩薩以滅為初門，別菩薩以界外道諦為初門。今是唯圓佛乘，故以界外無作滅諦為初門耳。
△二、依道諦三願。一、約慧明道。
「第三大願：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。」
智慧方便，即《淨名》「有方便慧解、有慧方便解」，權實二智悉皆具足故，能稱法界眾生所求，皆滿其願無令乏少。
△二、約定明道。
「第四大願：願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞、獨覺乘者，皆以大乘而安立之。」
安住菩提，安立大乘，即是安置諸子。秘密藏中未嘗不具三學，今以行邪道者入菩提道，即是令邪定聚眾生入正定聚，故為定學。《法華》云：「佛自住大乘，定慧力莊嚴，以此度眾生。」即是以九種大禪，禪即實相，而安立小乘，謂之智亦可，謂之定亦可。但前願是慧，後願是戒，判此屬定，上符佛旨，下順修行。又復《大涅槃經．聖行品》，唯以戒定慧三為證天行之因，今以戒定慧三為克滅諦之本，莫不一契。
△三、約戒明道。
「第五大願：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。」
《大經》根本十戒，具足三聚，所謂不破、不穿、不缺、不雜，乃至無上道戒。今言不缺，則舉律儀戒中一種事戒。次具三聚，則圓滿戒波羅蜜無上道矣。小乘空、有二宗，各釋不同。或云：戒屬心聚、色聚、非色非心聚，名三聚戒。今是大乘攝律儀、攝善法、攝饒益有情之三聚也。犯戒者必墮惡趣，如斷多羅才，更不復生。今以聞佛名故，不墮惡趣，則是兩種大緣而得懺悔：一者、最初元在藥師法中持戒功德；二者、聞藥師名，如阿伽陀藥，徧治眾病，故能起死回生，不墮大辟。上之三願，皆依道諦而發，所謂法門無量誓願學。言無量，則有八萬四千三昧、陀羅尼門、三十七道品、四教、六度不同。而今但出三學者，以此三學徧能攝盡一切法門故也。如《止觀》道品調適中辨，而集註中亦稍引示，檢之可知。但他經願學法門惟為自己，此經法門俱為利生，不同耳。問：既依《涅槃》及順修行，當以戒學為先，今何先慧？答：今是圓佛所修聖道，貴乎先得權實二智，普應眾生之求。況三學中，智能斷惑，智能證理，自行化他，此急先務，故居其首。
△三、依苦集共七願，為三：一、先出三苦。一、根缺。
「第六大願：願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋頑愚，盲聾瘖瘂，攣躄背僂，白癩顛狂，種種病苦，聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。」
△二、貧窮。
「第七大願：願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦，我之名號一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。」
△三、女身。
「第八大願：願我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願捨女身，聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。」
已上三願，并下十、十一、十二三願，皆眾生無邊誓願度之大悲拔苦。但此悲體圓，悲必具慈，故拔苦已莫不與樂。正藥樹一沾，不惟療瘵，且得飛昇。但與樂中益有淺深之別，根缺者即具諸根，貧窮者即得豐足，女身者即成丈夫，皆敵對相翻，屬對治、為人兩悉檀淺益；若成無上菩提，即第一義，深遠益也。
△二、間明集諦。
「第九大願：願我來世得菩提時，令諸有情出魔罥網，解脫一切外道纏縛。若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。」
此一依集諦發煩惱無盡誓願，斷一切纏縛種種稠林，正示煩惱無盡之相也。良由一妄之後，眾惑雲興，所謂五鈍、五利、十纏、十使、六十二見、百八煩惱，乃至八萬四千塵勞生滅，結縛眾生，沉淪苦海，無解脫時，故喻如稠林，目為纏縛耳。魔王著愛，多貪眷屬，嘗以彌天大網籠罩眾生。外道著見，如狂瀾颺起，觸境即生，牽生三有，令不得出，如稠林纏縛，故言魔外，則舉著見思之彌極者也。而藥師一名功德，能伏愛、見二論，遍破通別見、思，故云出網解脫也。問：藥師功德，但破見、思耶？答：三惑俱破，塵沙即是習氣，而無明名同體見、思，故但云破見思惑，則界內外三惑均消也。問：依集諦發，為有幾願？答：若依祖誥，惑與業俱，搆造眾罪，俱招感相，則下邊第十一造諸惡業，亦集諦攝。今以下願飢渴所逼，仍屬報苦，故即見思惑示集諦之體也。問：苦、集兩願，何多少不次？答：如來對境立願，隨便舉發，前後多少，皆無在也。今以集諦一願，間于拔苦六願之中者，正以見前後報苦，皆由惑造；若能斷惑，則如釜底抽薪，眾苦氷消矣。況言藥師，則以拔現報病苦為急先務，故拔苦備詳六種，而斷集只出一願。
△三、重出三苦，三：一、刑戮
「第十大願：願我來世得菩提時，若諸有情，王法所加，縛錄鞭撻，繫閉牢獄，或當刑戮，及餘無量災難陵辱，悲愁煎逼，身心受苦，若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。」
身心受苦句，是總結上一切諸苦，而對治中云解脫一切憂苦，乃謹對上身心二字。葢在心名憂，在身名苦，意根名憂，五根名苦，懼於後果為憂，嬰於現報為苦，求救無術名憂，痛苦切膚名苦故也。
△二、無食。
「第十一大願：願我來世得菩提時，若諸有情飢渴所惱，為求食故造諸惡業，得聞我名專念受持，我當先以上妙飲食飽足其身，後以法味畢竟安樂而建立之。」
安樂名涅槃，通於十界，如地獄有溫凊之安樂，亦名涅槃。乃至二乘偏空，涅槃皆不畢竟，獨如來名畢竟安樂涅槃也。建立者，對無食惡人而來，其本無安樂根性，今佛為之下種。無者尚與下種，況宿有善根者哉？
△三、無衣。
「第十二大願：願我來世得菩提時，若諸有情貧無衣服，蚊蝱寒熱晝夜逼惱，若聞我名專念受持，如其所好即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華鬘、塗香、皷樂、眾伎，隨心所翫皆令滿足。」
寶莊嚴具等，即實報土中，雲臺寶網，天衣妙觸。而如其所好，隨心滿足者，即《法華》各賜大車，〈普門〉隨類現身之意。如上拔苦六願，雖無輕重，然根缺貧窮女人，世間甚多，而犯刑凍餒，世間略少。大悲心中雖云等拔，而不無先多後少之宜。又復皆稱大願者，一一皆拔苦盡，一一皆成佛道也。
△三、結。
「曼殊室利！是為彼世尊藥師琉璃光如來、應、正等覺行菩薩道時，所發十二微妙上願。」
△二、結示功德莊嚴，三：一、結廣。
「復次，曼殊室利！彼世尊藥師琉璃光如來本行菩薩道時所發大願，及彼佛土功德莊嚴，我若一劫若一劫餘說不能盡。」
△二、示略，二：一、依報。
「然彼佛土一向清淨，無有女人，亦無惡趣及苦音聲，琉璃為地，金繩界道，城闕、宮閣、軒窓、羅網皆七寶成，亦如西方極樂世界，功德莊嚴等無差別。」
然者，從廣出略之詞。葢言功德廣大，雖說不能盡，然不妨撮廣大以略示依正之相，故云然也。亦無惡趣，亦如西方，正對最初文殊所問，惟願演說如是相類本願功德之問，又顯序中而為說法之句，乃說淨土法門矣。
△二、正報。
「於其國中有二菩薩摩訶薩，一名日光遍照，二名月光徧照，是彼無量無數菩薩眾之上首，次補佛處，悉能持彼世尊藥師瑠璃光如來正法寶藏。」
△三、勸生。
「是故，曼殊室利！諸有信心善男子、善女人等，應當願生彼佛世界。」
佛贊西方如來功德莊嚴已，極口相勸，發願往生。今東方既與西方等無差別，固當普勸，發願往生。
△二、委明功德利樂。已上但答藥師名號本願，而未委顯名願之下功德利益。故今約聞名、神呪、修供三端，委顯功德。復假解脫菩薩之請，而開示像季有情轉報脫苦之神騐。單複稠疊，宣揚發洩，大意只顯藥師如來名願內之功德二字，非名願之外別有所說，亦非總題之外別說像季利樂也。倘更離題別科，則為離本之枝，血脉不貫矣。問：前於本願之下，已出「功德莊嚴」四字矣，今胡重明？答：前但結成名號本願，非正明功德，故云說不能盡。略示其槩，如西方而已。何曾委明藥師與拔之能，功德之細哉？則知上文雖是結示，其意已是略標。至下重重委釋，於義更清。為二：一、聞修遍拔三障功德，二、像季別轉報障利樂。初又二：一、詳與拔功德，二、出功德宗本。初又三：一、約聞名以顯功德，二、約神呪以顯功德，三、約修供以顯功德。初又二：一、拔三毒功，為三：一、拔愚癡，為二：一、轉貪癡。拔三毒中，一一皆先出病苦根本之惑。次明因惑造業，因業感報，直至沉疴，勢在不救。然後以藥師一種名願之力，如阿伽陀藥，藥到病除，敵體相翻，起死回生，以顯其功。苦既拔已，即與妙樂，樂分淺深，或得生善，或得第一義，直至究竟而後已。以顯藥師名願之下，功德不貲，至矣盡矣。章章皆爾，不必細科。
爾時，世尊復告曼殊室利童子言：「曼殊室利！有諸眾生不識善惡惟懷貪恡，不知布施及施果報，愚癡無智闕於信根，多聚財寶勤如守護，見乞者來其心不喜，設不獲已而行施時，如割身肉深生痛惜。復有無量慳貪有情積集資財，於其自身尚不受用，何況能與父母、妻子、奴婢、作使及來乞者？彼諸有情從此命終，生餓鬼界或傍生趣，由昔人間曾得暫聞藥師瑠璃光如來名故，今在惡趣暫得憶念彼如來名，即於念時從彼處沒，還生人中得宿命念，畏惡趣苦不樂欲樂，好行惠施讚歎施者，一切所有悉無貪惜，漸次尚能以頭、目、手、足、血、肉、身分施來求者，況餘財物？」
貪恡愚癡是內惑，多聚財寶是貪之外相，勤加守護是恡之外相，自不受用是愚癡外相，皆業也。生餓鬼、傍生，即因貪恡之業以招報，因果不爽。昔時暫聞，今復暫念，即種有淺深，故獲分厚薄，然猶愈於不聞者矣。故此聞字，即曾染指藥師者也。昔時少捨，如割身肉，今捨血肉，如棄涕唾，凡聖霄壤矣。亦是經中字眼照暎之妙。
△二、邪見。
「復次，曼殊室利！若諸有情雖於如來受諸學處而破尸羅；有雖不破尸羅而破執則；有於尸羅軌則雖得不壞，然毀正見；有雖不毀正見而棄多聞，於佛所說契經深義不能解了；有雖多聞而增上慢，由增上慢覆蔽心故，自是非他，嫌謗正法，為魔伴黨。如是愚人自行邪見，復令無量俱胝有情墮大險坑，此諸有情應於地獄、傍生、鬼趣流轉無窮。若得聞此藥師瑠璃光如來名號，便捨惡行、修諸善法，不墮惡趣。設有不能捨諸惡行、修行善法，墮惡趣者，以彼如來本願威力，令其現前暫聞名號，從彼命終還生人趣，得正見精進，善調意樂，便能捨家趣於非家，如來法中受持學處，無有毀犯，正見多聞，解甚深義，離增上慢，不謗正法，不為魔伴，漸次修行諸菩薩行，速得圓滿。」
此屬僧倫法道流弊，直至邪見墮惡而後已。佛之所以必不捨此而令暫聞名號者，以其最初元于如來法中受戒定慧學處故也。餘皆可可知。
△二、慳妬。
「復次，曼殊室利！若諸有情慳貪、嫉妬、自讚毀他，當墮三惡趣中，無量千歲受諸劇苦；受劇苦已，從彼命終來生人間，作牛、馬、駝、驢，恒被鞭撻，飢渴逼惱，又常負重隨路而行；或得為人，生居下賤，作人奴婢，受他驅役，恒不自在。若昔人中曾聞世尊藥師瑠璃光如來名號，由此善因，今復憶念，至心歸依，以佛神力，眾苦解脫，諸根聰利，智慧多聞，恒求勝法，常遇善友，永斷魔罥，破無明殻，竭煩惱河，解脫一切生、老、病、死、憂、愁、苦、惱。」
嫉妬之相，起於慳貪，因貪利位，形於口四，則自贊毀他，如上官大夫之纔屈原是也。夫貪人財物，固當以身力血肉償他宿負，而恒不自在受他鞭打者，則當時強取人物，必以刀杖嚇取，或以謗令受累不安，故今又當以不自在受鞭打還之矣。
△三、瞋惡。
「復次，曼殊室利！若諸有情好喜乖離，更相鬬訟惱亂自他，以身語意造作增長種種惡業，展轉常為不饒益事，互相謀害，告召山林樹塚等神，殺諸眾生取其血肉，祭祀藥叉、羅剎娑等，書怨人名作其形像，以惡呪術而呪詛之，魘魅蠱道呪起屍鬼，令斷彼命及壞其身。是諸有情若得聞此藥師瑠璃光如來名號，彼諸惡事悉不能害，一切展轉皆起慈心利益安樂，無損害意及嫌恨心，各各歡悅，於自所受生於喜足，不相侵陵互為饒益。」
好乖喜離，即是嗔心內相。世人皆好和喜合，而此人嗔心所使，偏喜與人乖違遠離，時時欲害一切，與之為冤為仇。「更相鬬訟」下，即是嗔之外相。分二：一、陽起鬬訟，二、陰起毒害。葢陽力不足，而嗔心益盛，勢必至於告陰狀，呪起屍矣。復言更相互相者，正舉世間皆盲嗔對觸，無一有智慧人也。聞佛名而諸惡莫害者，指前所害之人，不受其害也。如〈普門品〉中所云。但今云皆起慈心互為饒益，較勝彼耳。慈心正治嗔障，而無嗔恨，即不喜乖離也。此中不出報病者，造罪至此，必墮三途，不言可知矣。拔三毒惡病以明藥功竟。
△二、生二善德，為二：一、助生淨善，又二：一、出機。
「復次，曼殊室利！若有四眾苾蒭、苾蒭尼、鄔波索迦、鄔波斯迦，及餘淨信善男子、善女人等，有能受持八分齋戒，或經一年或復三月受持學處，以此善根願生西方極樂世界無量壽佛所，聽聞正法而未定者。」
未定二字，乃是感叩藥師之機。
△二、示應，為二：一、遠生淨土。
「若聞世尊藥師瑠璃光如來名號，臨命終時有八大菩薩，其名曰：文殊師利菩薩、觀世音菩薩、得大勢菩薩、無盡意菩薩、寶檀華菩薩、藥王菩薩、藥上菩薩、彌勒菩薩。是八大菩薩乘空而來示其道路，即於彼界種種雜色眾寶華中自然化生。」
助往生中，或是淨土請主，或是西方輔弼，或是藥師同願，或是忍土儲君，皆同一願力，接引後昆之賢也可知。
△二、近生十善。
「或有因此生於天上，雖生天上而本善根亦未窮盡，不復更生諸餘惡趣。天上壽盡還生人間，或為輪王統攝四洲威德自在，安立無量百千有情於十善道。或生剎帝利、婆羅門、居士大家，多饒財寶倉庫盈溢，形相端正眷屬具足，聰明智慧勇徤威猛如大力士。」
家字不當作姑字讀。
△二、女轉男身。
「若是女人得聞世尊藥師瑠璃光如來名號，至心受持，於後不復更受女身。」
菩薩修行，至阿僧伽滿，方得離女身障。今聞佛名，即得遠離，其德何如哉？又生善中，雖但約報，然必具足內心因緣善業，始得克果。總科遍拔三障，意可知也。
△二、約神呪以顯功德。諸佛攝化，有顯、密二輪。如醫人治病，有丸、劑二藥。已上詳示本願功德，皆顯治眾生三障之病，生二善之德。如煎劑羅列，以教化狂子者也。脫有世智自用，嫌藥寒熱，妄生去取，而不肯服，則為搗篩和合，成一彈丸，於一塵內，具足眾氣，能服之者，功與顯同，故有密輪神呪之說。唐譯元無從此至「勿令癈忘」四百餘字。後人取《七佛經》中之文，而足於此。所以顯此經二輪竝運，合則雙美也。為三：一、示意，二、正說，三、結勸。今初。
「復次，曼殊室利！彼藥師瑠璃光如來得菩提時，由本願力，觀諸有情遇眾病苦，瘦𤼣乾消、黃熱等病，或被魘魅、蠱毒所中，或復短命，或時橫死，欲令是等病苦消除，所求願滿。」
乾消即渴消，病相如所害。《瑜伽》云：「一滴清涼水，能除飢渴消」是也。治病是功，所求願滿一句，即生善德。
△二、正說，二：一、入定。
時彼世尊入三摩地，名曰除滅一切眾生苦惱。既入定已，於肉髻中出大光明。
△二、說呪。
光中演說大陀羅尼曰：
「南無薄伽伐帝 鞞殺社 窶嚕 薜琉璃 鉢剌婆 喝囉闍也 怛他揭多耶 阿囉訶諦 三藐三菩提耶 怛姪他 唵 鞞殺逝 鞞殺逝 鞞殺社 三曼揭諦 莎訶」
密呪各有所為，天台大師約四悉檀釋，不必煩引。前已顯說本願功德無二無別，但約密談愈彰深秘，故顯了詮復秘密示耳。今且先消章句。前是皈敬之詞，亦通解脫。從「怛姪他」下，方是密語。南無翻皈依。薄伽伐帝，即通序初薄伽梵三字，名含六義，是故不翻。或云婆伽梵，或云婆伽伐，梵音楚夏也。前但三字，今多一帝字，是梵音引聲奢切也。密部中或云巴葛瓦，或發葛瓦帝，皆是此義。以由玄奘法師重歷五天，徧學梵音，故回唐新譯，音字稍異耳。鞞殺社窶嚕，即藥師。薜琉璃，又云吠琉璃，名帝青寶。鉢喇婆喝囉闍也，合讀之，即琉璃光世尊。怛他揭多耶，翻如來。阿囉訶帝，翻應供。三藐三勃陀耶，翻正徧知。聯絡其詞而讀之，則曰皈依具六義之藥師瑠璃光如來、應供、正徧知也。夫將說此呪，必先皈敬，既皈敬已，即當說之，故曰怛姪他。此三字翻為「即說呪曰」四字。「唵」字以下，是正說密言。下地難知，呪功在乎除苦滿願，呪體即是甚深行處。光中音聲朗朗，而初非文字之相；言外妙義泠泠，而亦不離文門顯寔。髻中放光，光非青黃赤白，非色而色，色而非色。今則聲而非聲，非聲而聲，不即不離，唯佛究竟。和盤托出，莫顯於斯。此一粒靈丹，徧治三障，惡疾頓長，地住法身。四悉釋者，約外相耳。
△三、結勸，二：初、略結功德。
爾時，光中說此呪已，大地震動，放大光明，一切眾生病苦皆除，受安隱樂。
除病是功，受樂是德。
△二、廣結勸修。
「曼殊室利！若見男子、女人有病苦者，應當一心為彼病人常清淨澡漱，或食、或藥、或無蟲水，呪一百八遍與彼服食，所有病苦悉皆消滅。若有所求致心念誦，皆得如是無病延年，命終之後生彼世界，得不退轉乃至菩提。是故，曼殊室利！若有男子、女人於彼藥師琉璃光如來至心殷重恭敬供養者，常持此呪勿令廢忘。」
病除是功，生彼世界是德，與前顯說功德孱齊。「是故」以下，又是勸詞也。約神呪以顯功德竟。
△三、約修供以顯功德。如上聞名持呪，但屬口耳之益。縱至九亦同彰，亦只名字開解而已。未起觀行薰修，究竟甚深行處難克。比如火宅煩渴，雖見清水，稍慰中心，若不挹飲，難解枯焦。故今重示修供、書寫、受持、解義等五品觀行修功，以求佛法性水，解無明渴，趣甚深理。夫聞名得益，是教經開解。修供功德，是行經起修。圓滿菩提，是理經證果。進由鴻漸，修分六即，自淺之深，法應爾也。為二：一、略示功德，二、廣顯功德。初又二：一、修供生善德。
「復次，曼殊室利！若有淨信男子、女人，得聞藥師琉璃光如來、應、正等覺所有名號，聞已誦持，晨嚼齒木澡漱清淨，以諸香華、燒香、塗香，作眾伎樂供養形像，於此經典若自書、若教人書，一心受持聽聞其義，於彼法師應修供養，一切所有資身之具，悉皆施與勿令乏少，如是便蒙諸佛護念，所求願滿乃至菩提。」
得聞名號，是牒已前聞名開解事也。「聞已誦持」下，是勸眾生依解起行，以求淨法性水，滌除五住煩惱也。然修行之下，必具生善滅惡功德，故師資互相酬酢而顯出之。行求願滿一句，即是略標生善之德，至下方廣示滿願之相，曰求富饒得富饒，求男女得男女等也。乃至菩提，即生善中之第一義益。斯為由行證理，證起行絕之理經矣。
△二、傳通滅惡功，為三：一、發願通經。
爾時，曼殊室利童子白佛言：「世尊！我當誓於像法轉時，以種種方便，令諸淨信善男子、善女人等，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，乃至睡中亦以佛名覺悟其耳。」
聞佛所說五等熏修，功德叵大，即發僧那流通寶號，以令永永聞修，俱至菩提。種種方便，即同觀音普門設化，現十界身而為說法，令得聞名。或為夫妻子女，善友知識，循循善誘，汲引令聞。乃至睡中者，乃至二字，超略之詞。或于春夏秋冬，或于行住坐立，語默作作等時，令得聞名。倘此人于上一切時處不能得聞，乃於睡中亦令得聞也。亦之一字，乃對非睡時說。睡處尚令得聞，況不睡時耶？足見文殊智巧悲深，不捨頑冥，必令度脫也。此有兩意：一者為愚癡凡夫數趨趨處，竟無片暇可度，宜于睡中令聞，而不於行住坐中為說也。二者惡人深執邪見，佛法難入，縱使為說，其亦輕忽而不信受。故于睡中點悟，則是清明之氣猶存，自然佛名可逗，而驚信忽生。如於沸湯取物，必假一碗冷水入處，下手可探也。所以一切賢聖，既於睡夢三界設化，多以夢幻法門度生。《金光明》夢金鼓而宣懺悔，《大涅槃》夢羅剎而進道心，《準提經》以夢吐黑飯為滅罪之相，方等經以夢十二王而入懺門，《地藏》則夢入地獄而大願陡發，《法華》夢證聖位而弘經相成，漢顯宗夢金人而流通像法，古國王夢臨刑以增進道心。二十年南柯太守，九十歲拜將封王。善哉！聖賢託睡夢以點醒夢人之妙法也，又焉知非文殊普門大願中之善巧方便耶？如上所引，睡中點化，亦具四悉檀益可知。
△二、傳通滅惡。
「世尊！若於此經受持、讀誦，或復為他演說、開示，若自書、若教人書，恭敬、尊重，以種種華香、塗香、抹香、燒香、華鬘、瓔珞、旛蓋、伎樂而為供養，以五色綵作囊盛之，洒掃淨處，敷設高座而用安處。爾時，四大天王與其眷屬及餘無量百千天眾皆詣其所，供養、守護。世尊！若此經寶流行之處有能受持，以彼世尊藥師琉璃光如來本願功德及聞名號，當知是處無復橫死，亦復不為諸惡鬼神奪其精氣；設已奪者，還得如故，身心安樂。」
以天王守護，故惡鬼不侵。
△三、法王印可。
佛告曼殊室利：「如是！如是！如汝所說。」
略示功德竟。
△二、廣顯功德。前略中但云修供，今則詳示儀式。前但云所求願滿，今則廣明富貴男女皆得。前但云不為惡鬼奪氣，今廣示滅惡諸相。故云廣顯修供功德也。為二：一、先出儀式。
「曼殊室利！若有淨信善男子、善女人等，欲供養彼世尊藥師瑠璃光如來者，應先造立彼佛形像，敷清淨座而安處之，散種種華，燒種種香，以種種幢旛莊嚴其處，七日七夜受八分齋戒，食清淨食，澡浴香潔，着清淨衣，應生無垢濁心、無怒害心，於一切有情起利益安樂、慈悲喜捨平等之心，鼓樂歌讚，右遶佛像。復應念彼如來本願功德，讀誦此經，思惟其義，演說開示。」
造像供養，是淨界結壇等事。「七日七夜」以下，是淨三業。而淨三業中大要，身論開遮，口論說默，意論止觀。受持齋戒是遮，澡浴淨衣是開，無垢濁怒害是止，慈悲平等是觀，誦經演說是說，思惟其義是嘿。意論止中，垢即貪心，濁即癡心，怒害即嗔心，謂須止三毒心也。亦即止觀中揀非顯是之法。
△二、正明功德，二：一、廣生善德。
「隨所樂求，一切皆遂。求長壽，得長壽。求富饒，得富饒。求官位，得官位。求男女，得男女。」
一切皆遂句，則該四教聖賢三昧辨才，願生佛國等出世正求。下四即遂世間淺淺富壽之求。此有二意：一是如來藏中富有萬德，雖淺求尚應，何況出世之深求者乎？二者如此倒求三界之法，聖賢所訶，而藥師皆遂者，足見如來善巧方便，漸次誘引之妙。蓋不信之人，不知出世妙道，但知求世間淺果富壽等事，以叩如來。如來若不遂其所願，則此人永無迴心向佛之日矣。故佛因其倒求，且遂倒願。願既遂已，方知敬佛，專心三寶，可以誘之出世矣。此獨藥師與觀音能為之也。近人不知此妙，竟約四教法門定慧，以釋富壽男女。夫一切皆遂句，已該出世四教定慧等矣。而更約出世四教以釋四求，則一彰佛有重煩之咎，二失如來善巧方便之妙。況以是求有益於得，求在我者，而結則將藥師妙應功德皆推開矣。可笑！
△二、廣滅惡功，為五：一、滅夢相諸惡。
「若復有人忽得惡夢，見諸惡相或怪鳥來集，或於住處百恠出現，此人若以眾妙資具，恭敬供養彼世尊藥師瑠璃光如來者，惡夢惡相諸不吉祥，皆悉隱沒不能為患。」
惡夢，如《金光明》夢日墮齒落，以喪幼子等。惡相，如《左傳》見良霄曰：「吾將殺帶，又將殺段」等。怪鳥來集，如買太傅見鵬鳥入戶等。百怪，如呂太台見趙王如意為蒼狗據腋，齊襄公見公子彭生為豕人立而啼等。所謂國家將亡，必有妖孽是也。若四夢、六夢、阿含十夢，於此不切，不必煩引。
△二、滅情無情怖。
「或有水、火、刀、毒、懸險、惡象、獅子、虎、狼、熊、羆、毒蛇、惡蠍、蜈蚣、蚰蜒、蚊、虻等怖，若能至心憶念彼佛恭敬供養，一切怖畏皆得解脫。」
水火等是無情之怖，惡象師子等是有情之怖，皆能殺身害命，故是大惡。若約〈普門〉七難七大而釋，則刀毒是地大，水火可知。懸險即空大，師象及侵擾反亂即見識二大。此皆滅世間之惡耳，不必約〈普門〉煩惱業報釋之。夫狂象無鉤，師子咬人，羆熊害命，虎狼食人，大怖可知。毒蛇。《搜神記》云：「嶺南蒙岫山中有蛇，見人輙碎為片片華塊。行人不知，捉其一塊，則皆合集嚙人。北地有蛇，能呼人名，人苟應之，夜來食人腦髓。」經中有七步蛇，傷之即死。惡蠍，俗名蠍虎，北地有之，南方則無。故劉禹錫被召，有「喜照壁間而見蠍」之詩。蘇子瞻回京，有「行有見蠍之喜」句。然人若觸之，則尾上有毒，最能傷人。唐開元間，有主簿以竹筒盛之，帶過江南，故南方亦甞甞而有。蜈蚣、蚰蜒，二俱喻嗔。夫嗔之起，皆主害人。《廣雅》曰：「蜈蚣性能制蛇，卒見大蛇，便緣而啖其腦。」《三教珠英》曰：「蜈蚣見蛇，能以氣禁之。」蚰蜒即蜓蚰，身赤多足，能緣壁。高麗寺殿壁，天雨輙滿矣。蚊虻微細，何足為怖？以藥師之力，但破蚊虻之怖，無乃大小乎？此有二意：一者，南直有露筋娘娘廟，相傳此方蚊子極大。昔有姑嫂二人，行至中途，天晚，嫂畏蚊，故就客人蚊帳而宿。其姑坐地受𧌃，至筋骨俱露而死。起廟祀之，以表貞節。是則蚊虻雖小，亦能傷人，為可怖也。二者，藥師當日修二十五王三昧時，以圓三觀，徧破二十五有見思、無明、惡業塵沙，功力叵大，無不破盡。如此小怖尚破，何況其大者哉？正師子撲物，皆用全力，不因怖小求佛，而佛即不救其苦也。如上生善中，富壽男女，皆遂同一意耳。當知與拔，通用不欺之力，方顯藥師大叩大鳴、小叩小鳴之神應無方。
△三、滅盜賊侵亂。
若他國侵擾，盜賊反亂，憶念恭敬彼如來者，亦皆解脫。
△四、滅破戒墮惡。
「復次，曼殊室利！若有淨信善男子、善女人等，乃至盡形不事餘天，惟當一心皈佛法僧受持禁戒，若五戒、十戒、菩薩四百戒、苾蒭二百五十戒、苾蒭尼五百戒，於所受中或有毀犯怖墮惡趣，若能專念彼佛名號恭敬供養者，必定不受三惡趣生。」
四百五百，律中無出，良由律文有未度者耳，不必強不知以為知，扭揑配也。
△五、滅產難極苦。
「或有女人臨當產時受於極苦，若能至心稱名禮讚、恭敬供養彼如來者，眾苦皆除，所生之子身分具足，形色端正，見者歡喜，利根聰明，安隱少病，無有非人奪其精氣。」
此經拔女人之苦有三，雖前後各言一端，合之必眾苦皆除也。結云無有非人奪氣，正與前文殊略明拔苦中不為惡鬼奪氣，緊緊照暎，乃如來說法起伏貫通之妙也。已上廣明與拔功德之用竟。
△二、出功德宗本。凡上所明，拔苦與樂，滅惡生善，雖稠疊廣略，互顯功德不同，皆屬化他之用。用若無體，即狂願妄行；用若無宗，即凡夫外道。故今點示正體，名諸佛甚深行處妙宗，即無量願行方便。宗體既立，則凡前後所明與拔功德，無非果後化他全體大用，有宗有本，非義襲而從之者也。為二：一、示甚深本體，二、示願行妙宗。初又為二：一、直示用即深體，二、復約三慧揀顯。今初。
爾時，世尊告阿難言：「如我稱揚彼世尊藥師瑠璃光如來所有功德，此是諸佛甚深行處，難可解了。」
功德即行處，乃點用即體。如水為波，如波為水，二本無二，全體大用也。六凡行處是三界，同如牢獄。二乘行處是泥洹，淺窄不深。菩薩行處可名為深，如云觀自在菩薩行深般若波羅蜜多時。然邊際之智未圓滿，三諦之境未究竟，不得名甚深。唯佛與佛，乃能究盡諸法實相，窮源極底，得名甚深行處。須知諸佛即一心三智，行處即三諦一境。如來最初以無緣智緣無相境，以無相境相無緣智。無緣而緣，無非三觀；無相而相，三諦宛然。境智雙忘，而言境智，則始木一合，如函葢相冥。正修得四德，本有四德，一一皆具常樂我淨，為十方諸佛所遊行處，名常寂光也。此境身土一如，色心不二。在境智契合時，名甚深行處。在空有雙亡時，即中道寔相。在一真無染時，名真如。在靈智普照時，名佛性。在三因究滿時，名泥洹。在染淨混融時，名法界。皆一體異名，揭寔相正印，為此經四章所歸之本體也。諸佛證此體已，從體起用，無緣與拔，普利含生，即名功德，乃全體大用，非用外有體、體外有用，二而不二、不二而二，則在前所明與拔功德，皆從此體而起，所謂無不從此法界流也。今點前與拔之用即佛行處，又無不還歸此法界也。在《法華》則名「如來入于無量義處」；在《圓覺》則名「入于大光明藏」；在《金光明》則名「遊于金光明甚深法性，過諸菩薩所行清淨」；在《涅槃》則曰「安置秘密藏中」；在《般若》則曰「以不住法住般若波羅蜜中」，無往而非境智一合中寔體德。然此正體，生佛本具，今言諸佛行處，則顯果上始本一合之妙覺正體，非含生在纏之素法身而已也。所謂十界本周誰不具，修成報智乃為奇耳。既是諸佛究盡行處，固非九界七方便所能仰窺，是以難可解了。或約迷中共有，而釋佛甚深行處，可謂不知輕重傍正，唯扯現成語言，填塞白紙，寧不混濫失旨乎？
△二、復約三慧揀顯。良由佛證寔處不屬九界，故約九界人難信、難解、難聞，往復問答，以顯此體高深。正與《法華》揀眾，《止觀》揀非意同也。為三：一、約難信顯體。信即思慧。蓋學而不思則罔，以由聞後善思，故能生信。若不善思，則生謗墮苦矣。豈非信即思慧哉？又三：一、問：
「汝為信否？」
△二、答，為二：一、仰信佛言。
阿難白言：「大德世尊！我於如來所說契經不生疑惑。所以者何？一切如來身、語、意業無不清淨。世尊！此日月輪可令墮落，妙高山王可使傾動，諸佛所言無有異也。」
仰信佛說不虗而已，非自能究盡諸法實相，於佛行處行也。故下佛云：「汝今能受，當知皆是如來威力。」
△二、不信墮惡。
「世尊！有諸眾生信根不具，聞說諸佛甚深行處，作是思惟：『云何但念藥師瑠璃光如來一佛名號，便獲爾所功德勝利？』由此不信返生誹謗，彼于長夜失大利樂，墮諸惡趣流轉無窮。」
△三、述成。
佛告阿難：「是諸有情，若聞世尊藥師瑠璃光如來名號，至心受持，不生疑惑，墮惡趣者，無有是處。」
佛謂但恐眾生夙無善根，不能聞名，則有誹謗墮苦之憂。若能聞名，則已於千萬佛所種善根者矣。自然聞已，即能至心受持，深信不疑。豈有聞後更生不信誹謗，以墮惡趣哉？故曰無有是處。此段言雖重聞，其實釋上難信之意。
△二、約難解顯體。解即修慧，深心修入，方能解了。如云唯除一生所繫菩薩，豈非修慧之極方能解入乎？
「阿難！此是諸佛甚深所行，難可信解，汝今能受，當知皆是如來威力。阿難！一切聲聞、獨覺及未登地諸菩薩等，皆悉不能如實信解，唯除一生所繫菩薩。」
此帶前未盡之意而來。曰：我之所以不敢深責眾生之信者，良由佛行深處，原非九界能窺，故計其但能聞名，已是圓解之人，難得難得者矣，何可論其信解也哉？即汝阿難，僅能領受我之語言，亦不過仗佛威神，如藕絲懸山，仰信不疑而已，豈汝自力能解佛境界乎？然又非阿難一人難解，即一切二乘方便菩薩，修慧未深者，皆難寔解。《法華》揀眾，實與此同，所謂境不親甞，事非目擊故耳。向下方打出，圓修將竟，一人方能解了，即一生所繫等覺後心菩薩也。言除非此人，方許能解。《楞嚴》明等覺後心，覺際入交，故能見佛所見。葢如來始本久圓，高居常寂光土，為度生故，寂照而出，從寔起權，以普鑒羣機。等覺菩薩，始覺方窮，上冥本覺，始本乍合，故照寂而入，以契證實體。一人由此而出，一人由此而入，于此覺際路上相交出入，一雖久見，一雖乍窺，同一見也。故云唯除一生所繫菩薩，乃能解了也。《法華》尚許信力堅固二人能解，今經唯許等覺修極一人，則知此經甚深實體，的是妙覺圓極果德，非生佛共有，在纏真如矣。釋經者，何不探清前後旨趣，顧乃煩引理即全迷之談，而浪注耶？
△三、約難聞顯體。
「阿難！人身難得，於三寶中信敬尊重亦難可得，聞世尊藥師瑠璃光如來名號復難於是。」
能聞尚是難難，何況能信能解。故以聞慧居後，反顯以前二慧叵得。既非九界所能聞信解了，即顯此體究竟圓極。從體起用，與拔功德，悉皆有本，亦究竟圓極，非下地能知也。
△二、示願行妙宗。
「阿難！彼藥師瑠璃光如來無量菩薩行、無量善巧方便、無量廣大願，我若一劫、若一劫餘而廣說者，劫可速盡，彼佛行願善巧方便無有盡也。」
且置彼佛實相之體，九界難窺。即彼佛修成因果之宗，佛說難盡。以九界難知顯體，以佛說難盡顯宗，極果法報，呈露盡矣。願即是因，所謂發僧那于始心；行即是果，所謂終大悲以濟難。一切聖賢大乘因果，總不出願行二端。凡願之總，乃四弘心。論願之別，即有無量。凡行之總，乃六度法。論行之別，遂有無量。別教明義，一即無量；圓人攪之，無量即一。乃依諸佛行處一乘之本，以起萬行因果之宗。則大乘因者，諸法寔相是。大乘果者，諸法實相是。此全體之宗，宗不離體，故諸佛窮劫說不盡也。若論善巧方便，應是與拔之用。今此乃如來願行中趣理斷惑之妙權，故亦屬宗。至于果後與拔，重重如前所明，方是宗成之用。此用由于宗成而起，果後化他，即非凡夫外道，煦煦孑孑，愛見慈悲矣。又復應知，此經前後，皆明功德之用，而特于兩楹之間點示宗體者，即有承前顯後之妙。前明與拔功德竟，隨示宗體，則顯已前與拔，皆宗成而起，全體大用，法法甚深，事事佛行。又顯已後別轉像季報障，亦全體大用，用不離宗。三法相須而不相離，離之三九，合之唯一，雖世間與拔，淺深功德，皆與實相不相違背也。天台大師深得佛意，故《觀經疏》於敘觀敘題兩楹之中點示宗體，為承前敘後之妙，東土迦文，信不誣矣。又復此經甚深行處，即首題中本字；能究盡之人，即如來；願行之宗，即題中願字；能行之人，即瑠璃光。前後所明與拔之用，即題中功德二字；能與拔之人，即題中藥師也。總者總于別，別者別于總，總別雖二，意義惟一。
△二、像季別轉報障利樂。前明與拔，則功德互陳，三障通捐，一真克證，不獨令諸聞者業障消除而已。今救橫死病苦，則惟拔報障現果，不關惑業二端。所謂病急治表，利樂像法轉時諸有情也。故先約廣略修供，以轉報障，使存亡利益，病苦安樂。然後委釋已盡報命復得延永者，由于橫死居多，故邀佛力，即能起死回生。況人多罪業，尤須廣修供養，庶幾苦報解脫。正明之後，復加結釋。藥師拔苦之功，至矣！盡矣！便須證護，以入流通。為二：一、正明轉障利樂，二、結釋轉供義意。初又二：一、略明修供轉障，二：一、正明，又二：一、出命終報苦。
爾時，眾中有一菩薩摩訶薩名曰救脫，即從座起，偏袒右肩右膝著地，曲躬合掌而白佛言：「大德世尊！像法轉時，有諸眾生為種種患之所困厄，長病羸瘦不能飲食，喉唇乾燥，見諸方暗死相現前，父母親屬朋友知識啼泣圍繞。然彼自身臥在本處，見琰魔使引其神識，至于琰魔法王之前。然諸有情有俱生神，隨其所作若罪若福皆具書之，盡持授與琰魔法王。爾時，彼王推問其人計算所作，隨其罪福而處斷之。」
先示報身病苦，至無可挽回，必死無疑。以顯供養藥師，如茅山一丸，即能起死回生之功効也。
△二、明修供轉報。
「時彼病人親屬知識，若能為彼歸依世尊藥師瑠璃光如來，請諸眾僧轉讀此經，然七層之燈，懸五色續命神旛，或有是處，彼識得還，如在夢中，明了自見。或經七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日，彼識還時，如從夢覺，皆自憶知善不善業所得果報。由是證見業果報故，乃至命難，亦不造作諸惡之業。」
旛名續命，如《阿含經》，阿育王因病，手自徧掛諸寺之旛，得延二十五年壽命，以得名也。若方等觀旛幢道具，是名慧觀。諸經論旛，一風轉得一轉輪王位，是明福德。今是禳災延壽之旛，用各不同。二、結勸。
「是故，淨信善男子、善女人等，皆應受持藥師瑠璃光如來名號，隨力所能恭敬供養。」
隨力則富羅天下之奇珍，窮盡一身之所有，初不責於豐儉，佛唯享于克誠也。
△二、廣明修供轉障，二：一、廣示修供儀式，二：一、問。
爾時，阿難問救脫菩薩言：「善男子！應云何恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來？續命旛燈復云何造？」
△二、答，二：一、示式。
救脫菩薩言：「大德！若有病人欲脫病苦，當為其人七日七夜受八分齋戒，應以飲食及餘資具，隨力所辦供養苾蒭僧，晝夜六時禮拜行道，供養彼世尊藥師瑠璃光如來。讀誦此經四十九遍，燃四十九燈，造彼如來形像七軀，一一像前各置七燈，一一燈量大如車輪，乃至四十九日光明不絕。造五色綵旛長四十九搩手，應放雜類眾生至四十九。」
須七日七夜持戒者，不同婬女持日戒，屠兒持夜戒矣。至七日夜則三業清淨，一切徼求可以感通成就，如胎中七日一增，初果七生斷惑，亡者七日一轉也。況七乃少陽之數，有生起之道，如七發中說楚太子至七，則太子之病霍然良已，今用此數正起病苦也。一一皆須至四十九者，必功用精進久而遂通，且大衍之數五十，其用四十有九，此乃起用之數，救病攸宜。造像七軀者，《七佛經》中藥師乃第七尊，今欲求其救苦，要須請其合志同方者戮力施功也。燈量大如車輪，正如今之樹燈。四十九搩手者，佛之手掌并指長一尺，則似宜長四丈九尺之旛，若并肋亦算之，則佛手長二尺，應用十丈之幡矣。隨便隨宜二俱無在。應放雜類眾生至四十九日者，前是上求三寶以竭敬田，此是下救眾生以盡悲田，蓋眾生被獲命在須臾，買而釋之如天恩大赦，各歸仁壽之域，德莫大焉。況眾生病夭由于殺生，今言放生即長壽因，以今之善易昔之惡，求脫病苦莫此為良。禮拜供佛既四十九日，則買命放生亦須四十九日，非謂四十九種眾生，又非安于長旛上之供物也。
△二、結。
「可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持。」
度厄，結前為種種患之所困厄，不為橫鬼所持，伏下邊九種橫死。此是經文前後照應處也。
△二、廣出所轉報障為，二：一、轉天子七難。
「復次，阿難！若剎帝利灌頂王等災難起時，所謂人眾疾疫難、他國侵逼難、自界叛逆難、星宿變怪難、日月薄蝕難、非時風雨難、過時不雨難。彼剎帝利灌頂王等，爾時應於一切有情，起慈悲心赦諸繫閉，依前所說供養之法，供養彼世尊藥師瑠璃光如來。由此善根及彼如來本願力故，令其國界即得安隱，風雨順時，穀稼成熟，一切有情無病歡樂，於其國中無有暴惡藥叉等神惱有情者，一切惡相皆即隱沒，而剎帝利灌頂王等，壽命色力無病自在皆得增益。」
天子四海為家，臣妾億兆，一人有慶，兆民賴之，四方有罪，在予一人。故歲祲民疫，皆君休戚所當急先求懺者也。且藥師之藥，先治此人者一，是責備賢者二，是一正君而天下定之道也。
△二、轉臣民眾苦。
「若帝后妃主、儲君王子、大臣輔相、中宮綵女、百官黎庶，為病所苦，及餘厄難，亦應造立五色神旛，然燈續明，放諸生命，散雜色華，燒眾名香，病得除愈，眾難解脫。」
陬爾臣民，皆無普天重任，故惟以病厄為憂耳。
△二、結釋轉供養意，為二：一、釋能轉所以。非謂能轉已盡之報，只由橫死，故能轉耳。此即釋明已上能轉之意也。為二：一、正示九橫，二、結指無量。初又二：一、略釋，為二：一、問，二、答。
爾時，阿難問救脫菩薩言：「善男子！云何已盡之命而可增益？」救脫菩薩言：「大德！汝豈不聞如來說有九橫死耶？是故勸造續命旛燈修諸福德，以修福故盡其壽命不經苦患。」
△二、廣示為二：一、問。
阿難問言：「九橫云何？」
△二、答，為二：一、委明初橫。
救脫菩薩言：「若諸有情得病雖輕，然無醫藥及看病者，設復遇醫授以非藥，實不應死而便橫死。又信世間邪魔、外道、妖孽之師，妄說禍福，便生恐動，心不自正，卜問覓禍，殺種種眾生，解奏神明，呼諸魍魎，請乞福祐，欲冀延年，終不能得。愚癡迷惑，信邪倒見，遂令橫死，入於地獄，無有出期，是名初橫。」
初橫中有三無醫藥：看病授以非藥，信邪倒造業。二是夙感，一是現造。現造猶重，所謂自作孽也。解奏神明者，解字其矮切，乃祭祀之書名。《莊子云》解曰：「牛之白鼻，豕之亢顙，人之有痔者，不以適河。」注云：「解者，祭祀之書名。」《漢書．郊祀志》云：「天子甞以孟春解祠，祠黃帝以一梟破鏡。」師古曰：「解祠者，謂祠祭以解罪求福也。」則不應讀作解(介)字矣。
△二、隨示八橫。
「二者、橫被王法之所誅戮；三者、畋獵嬉戲，躭婬嗜酒，放逸無度，橫為非人奪其精氣；四者、橫為火焚；五者、橫為水溺；六者、橫為種種惡獸所噉；七者、橫墮山崖；八者、橫為毒藥、厭禱、呪詛、起屍鬼等之所中害；九者、饑渴所困，不得飲食而便橫死。」
△二、結指無量。
「是為如來略說橫死有此九種，其餘復有無量諸橫，難可具說。」
橫既無量，則非命盡而夭者，亦無量矣。故須上求藥師，挽回復生也。
△二、結須供所以。
「復次，阿難！彼琰魔王主領世間名藉之記，若諸有情不孝五逆，破辱三寶，壞君臣法，毀于信戒，琰魔法王隨罪輕重，考而罰之。是故我今勸諸有情燃燈造旛，放生修福，令度苦厄，不遭眾難。」
以由人多罪業，故須修供求救，庶幾不遭眾難。
△三、流通，為三：一、證護。流通證者，因服藥師妙劑，轉大惡而為大善也。為二：一、藥叉證護。
爾時，眾中有十二藥叉大將俱在會坐，所謂宮毗羅大將、伐折羅大將、迷企羅大將、安底羅大將、頞你羅大將、珊底羅大將、因達羅大將、波夷羅大將、摩虎羅大將、真達羅大將、招杜羅大將、毗羯羅大將。此十二藥叉大將，一一各有七千藥叉以為眷屬，同時舉聲白佛言：「世尊！我等今者蒙佛威力，得聞世尊藥師瑠璃光如來名號，不復更有惡趣之怖。我等相率皆同一心，乃至盡形歸佛法僧，誓當荷負一切有情，為作義利饒益安樂。隨於何等村城國邑空閒林中，若有流布此經，或復受持藥師瑠璃光如來名號恭敬供養者，我等眷屬衛護是人，皆使解脫一切苦難，諸有願求悉令滿足。或有疾厄求度脫者，亦應讀誦此經，以五色縷結我名字，得如願已然後解結。」
十二，皆有七千，共成八萬四千。昔是兇惡塵勞生滅，今染指藥師神丹，三障頓轉，俱成八萬四千三昧總持妙善法門矣。如云我等不復更有惡趣之怖，即轉惡為善之明證也。縷結名字，此令病人感叩求護之法，得如願已，然後解結。此示必來救護之意，亦藥叉仰體藥師如來十二大願，普救眾生，上行下効之弘誓願也。
△二、如來印勸。
爾時，世尊讚諸藥叉大將言：「善哉，善哉！大藥叉將！汝等念報世尊藥師瑠璃光如來恩德者，常應如是利益安樂一切有情。」
△二、結名流通。
爾時，阿難白佛言：「世尊！當何名此法門？我等云何奉持？」佛告阿難：「此法門名說藥師瑠璃光如來本願功德，亦名說十二神將饒益有情結願神呪，亦名拔除一切業障。應如是持。」
雖有三名，正重教主，故以藥師人法為題，則冠葢始終，囊括初後，名能召實，莫善於斯。
△三、結益流通。
時，薄伽梵說是語已，諸菩薩摩訶薩及大聲聞，國王、大臣、婆羅門、居士，天、龍、藥叉、徤達縛、阿素落、揭路茶、緊捺落、莫呼洛伽、人非人等，一切大眾聞佛所說，皆大歡喜，信受奉行。
皆大歡喜是結益，信受奉行是流通。
藥師經直解(終)
No. 381-D 附錄梵文神呪(神呪輙持誦，則越諸佛三昧耶，要須從師傳持。)
藥師如來大真言
namobhāgavatebhaiṣaijyagurubhaituryaprabharajayatathāgatāyārhatesamyaksaṃbuddhāyatadyathāoṃbhaiṣaijyebhaiṣaijyebhaiṣaijyasamurgatesvāhā
藥師如來小真言
oṃhuruhurucathdārimatāṅgisvāhā
七佛藥師真言
tadyathākumakumaeṇimeṇihimaḥtimaḥtisiddhātathāgatasamattianteṣṭiteantemaḥntepalepāpaśotaṇisarvaprāpadasayabuddhebuddhoutaḥmeumekumebundhaḥkitrapariśādhaṇiddhāṃmeṇiddhāṃmemerumerumerucighalesarvaharamṛtunipraṇibuddhesubuddhebuddhaateśodhadedarakṣatumesarvandhevasameasamesamanahāṃraṃtumesarvabuddhāvodhisatvaśaṃmeśaṃmepraśaṃmaṃtumesarvaitiupadhavasarvavihadaiyasarvasatvanāṃcapulāṃṇipulaṃṇipulaṃyamesarvaaśoveruriyapratibhaṣesarvapāpacamyukaresvāhā
《淨名》云：「以一切眾生病，是故我病；當一切眾生病滅，則我病滅。」大哉！菩薩哀憫眾生之深慈，何其至也！《藥師本願功德經》者，脫病鍵之神方，活慧命之秘訣。曩者我佛遊化廣嚴城，詶妙吉祥之請，宣明斯典，逗像末之機宜。自從三藏譯傳以降，蕩蕩乎衣被天下，緣合時熟，聞持頗眾，蓋以聖經簡易，功悳叵大也。近載有浙江古清涼沙門靈耀者，消息乎止觀之場，婆娑於篇籍之囿，以無言言，作無解解，科釋是經，目曰「直解」，文光燦然，自有貫斗牛之氣。余因將諸家之疏反復披閱，而知耀公之釋別出手眼，聿輙不自揆，挑點其傍，付諸梓生，永傳於世也。夫一切眾生抱三障之錮疾，受六道之輪迴，不知幾經劫數。青帝寶佛徹困婆心，乃乘十二願輪，隨緣赴感，無不治之。猗歟！古佛慈悲之方，超出上池之水也遠矣。爭奈人心薄劣，且無遠識，其祈求也，動惟以長壽富饒為念，擔麻棄金，寔堪慨嘆。安知且遂三界之倒願，漸次誘引嘉謀，而旨歸皆本甚深行處而來。於戲！苟得其本，則末自治；苟失其本，徒干長壽富饒等事，豈不昧醫王度生本願之意也哉！
貞享丙寅三年孟秋望旦湖東安養律寺比丘慧堅戒山合十譔
No. 381-B 藥師經直解敘
東漸聖教，每多註疏，如《金剛》、《楞嚴》，動輒百十，而《藥師》無解，何哉？古人意謂秦燔經而經存，漢窮經而經亡，牽於曲士蔓說耳。此經起盡，只一三法，如日月在天，有目皆見，直捷顯了，無事解釋也。余既解矣，而云直者，不曲之謂也。曲引勉證，句貼字訓，而正義反晦不直矣；汎扯成文，播弄講口，而三德全庋不直矣。茲惟隨經直示體、宗、用法，為眾生之三因，即果人之三德，俾造脩者，可依之開解，可憑之起行，如日光明照，見種種色而已。不敢曲注蔓解，以粖聖經者，亦解即無解，仰體古人無事解釋之意也。
己酉人日天台比丘靈耀書於魏塘之智證方丈
No. 381-C 藥師經直解科
△科分為(二)一總題(藥師)
二別文(三)一序(如是)
二正宗(二)一問(二)一問佛名差別(爾時)
二問法門功德(及本)
二答(二)一許說(二)一讚許(爾時)
二領受(唯然)
二正說(二)一答藥師琉璃佛號(佛告)
二答本願功德法門(二)一正答本願功德(二)一詳出十二大願(三)一標(曼殊)
二釋(三)一滅諦二願(第一)
二道諦三願(三)一慧(第三)
二定(第四)
三戒(第五)
三苦集七願(三)一先出三苦(三)一根缺(第六)
二貧窮(第七)
三女身(第八)
二間示一集(第九)
三重明三苦(三)一刑戮(第十)
二無食(十一)
三無衣(十二)
三結(曼殊)
二結示功德莊嚴(三)一結廣(復次)
二示略(二)一依報(然彼)
二正報(於其)
三勸生(是故)
二委明功德利樂(二)一聞修遍拔三障功德(二)一詳與㧞功德(三)一約聞名以顯功德(二)一拔三毒功(三)一轉愚癡(二)一貪癡(爾時)
二邪見(復次)
二轉貪嫉(復次)
三轉瞋惡(復次)
二生二善德(二)一助生淨善(二)一深生淨土(復次)
二淺報人天(或有)
二女轉男身(若是)
二約神咒以顯功德(三)一示意(復次)
二正說(二)一入定(時彼)
二說咒(光中)
三結勸(二)一略結功德(爾時)
二廣結勸修(曼殊)
三約修供以顯功德(二)一略示功德(二)一修供生善德(復次)
二傳通滅惡功(三)一發願通經(爾時)
二傳通滅惡(世尊)
三法王印可(佛告)
二廣顯功德(二)一先示儀式(曼殊)
二正明功德(二)一廣生善德(隨所)
二廣滅惡功(五)一滅夢想諸患(若復)
二滅情無情怖(或有)
三滅盜賊侵擾(若他)
四滅破戒墮惡(復次)
五滅產難極苦(或有)
二出功德宗本○
二像法別轉報障利樂○
三流通○
○二出功德宗本(二)一示甚深本體(二)一直示用即深體(爾時)
二復約三慧揀顯(三)一約難信顯體(三)一問(汝為)
二答(阿難)
三述成(佛告)
二約難解顯體(阿難)
三約難聞顯體(阿難)
二示行願妙宗(阿難)
○二像法別轉報障利樂(二)一正明轉障利樂(二)一略明修供轉障(二)一正明(二)一出命終報苦(爾時)
二明修供轉報(時彼)
二結勸(是故)
二廣明修供轉障(二)一廣明修供儀式(二)一問(爾時)
二答(二)一示式(救脫)
二結功(可得)
二廣出所轉報障(二)一轉天子七難(復次)
二轉臣民眾苦(若帝)
二結釋轉供義意(二)一釋能轉所以(二)一正示九橫(二)一略明(二)一問(爾時)
二答(救脫)
二廣示(二)一問(阿難)
二答(二)一委明初橫(救脫)
二隨示八橫(二者)
二結指無量(是為)
二結須供所以(復次)
○三流通(三)一證護流通(爾時)
二結名流通(爾時)
三結益流通(時薄)
耀僧定
No. 381
藥師瑠璃光如來本願功德經直解
天台苾蒭 靈耀 撰
△一、總題。
藥師瑠璃光如來本願功德經
首題乃一經之綱要、眾義之指歸，不可不深長思，不可不簡易示。此經佛示三名：一偏拔除業障一、屬證護流通，俱不能冠戴初後，存而不論可也；獨藥師瑠璃光如來本願功德一題，則範圍眾義，彌綸一經，總別相符，於斯為美，尋名識旨，五義瞭然。若欲直示，則以人法為名，諸佛甚深行處為體，願行方便為宗，與拔功德為用，大乘生酥為教相。
初、釋名，有通有別。先解別名。藥師瑠璃光如來是人名，本願功德是法名，而皆具足三法秘藏。藥師者，良由九界眾生具足報病、業病、煩惱病，以欵如來同體大悲，故不獲已，得得出世，用戒定慧法藥遍療眾瘵，名之為藥。報病者，眾生假四大以為身，則一大不調，百一病起，四大不調，四百四病陡然而興。《金光明》復論四時外感、寒暑違和，身為苦本，苦以逼身，廣之則成無量惱身惡疾，所謂天下無無罪眾生，故天下無無病眾生也。此則宜用世間歸戒十善等藥以治病本，更用金石草木之藥以治病表。業病者，即眾生所搆殺盜婬妄、五業十惡等罪，此係現行惡因，發於身口七支、架造無邊大罪，宜用欲定未到、四禪八定等藥，以息身口粗惡。煩惱病又有三：一見思病，二塵沙病，三無明病。當用二十五王三昧中即空藥以治見思病，即假藥以治塵沙病，即中藥以治無明病。然雖藥能治病，苟或用不得人，則藥反成害，縱是醍醐，亦成毒藥。如舊醫乳藥，魔外邪治，非徒無益，而又害之矣。今藥而稱師者，正重能用藥人。夫能行不能說，國之用也；能說不能行，國之師也；能說能行，國之寶也。如來則行說兼優，雖大醫不治、小醫拱手者，法藥一逗，沉疴頓起，誠為人師國寶，故云藥師。在《涅槃》名新醫，在《法華》名良醫，或名藥王，或名醫王、大醫王等，寔名異而義同也。但佛治病時，十身隨現，不滯一隅，如秦越人，醫無定術。若治報病，即現為流水長者子、祗域神農、越人倉公等，精望聞問切之妙，擅神聖工巧之名，識寒熱溫平之藥，察虗實寒熱之病。如三事出假，藥到病除，起膏肓於彈指，能肉骨而生死之者，方為世間藥師。若治業病，則現入深禪大定，為三界天王，如天人丈夫觀世音、大梵深遠觀世音，或為三藏如來等。而諳練法藥，對治眾症，多貪者授以不淨，多瞋者授以慈悲，乃至一切處定之人授以非非想藥，不令味住暗證。譬如御馬，亦愛亦策，調護得宜，不同數息不中塚人，不淨錯施爐韛者，即為禪定劣應之藥師。若治煩惱病，即現法報應身說，即空觀藥治見思病，即假觀藥治塵沙病，即中觀藥治無明病，如止觀破法，遍中所用，方為無上藥王。《法華文句》第十種良醫，方名藥師。娑婆釋迦，東方正覺，唯佛與佛乃能究用，非下地能擬，唯除一生所繫，差許仰窺耳。又復應知，既言藥師功在拔苦，宜名斷德之用矣。然病既差已，自爾翛然累表，成解脫德也。
藥師而復彰瑠璃光之號者，三觀法藥得力，即能治三障之病，開三智大光明藏，所謂垢盡明生，淨極光通也。若世藥治報病而有光，則如經中樵夫擔薪入市，內一枝光明外現，識者售而檢出，乃藥樹王身，遍治眾病。東土神農，身如瑠璃，內外明徹，凡吃世間金石草木八萬四千藥草，皆見入何經絡，治何病症，有毒無毒，以定本草為真丹用藥鼻祖。秦越人飲上池之水，能見垣一方，視病結癥，人有光也。不但人有其光，即藥力得効，自爾有光。如人長服補天大造人參等藥則面有白光，盲人遇藥則得光明，此皆世間醫藥得力，治報病而有光明者也。若出世戒定慧六度之藥得力，槩有光明，如比丘受戒臨壇，四羯磨成，十方諸佛無作戒光如雲如蓋，注入行人頂門，名為得戒，天眼能見。若圓大戒，則《梵網經》戒名第一義光，光非青黃赤白，非色非心，非因果法，此服戒藥得力而有光。即定亦然，二十八天皆從定生，而天天自有身光，或名少光、無量光，光音不同，總屬靜極光通，服定藥得力而有光明也。若六度中修之有光，如迦葉紫光尼，因施生光；持戒者自有戒光煥發；忍極光生；精進光發，一切眾生喜見菩薩燃身供佛，光燭法界，名真精進；禪定有光，如四天、忉利及上八定，皆有光明；智慧之光甚多，若與今佛合志同方者，如《涅槃經》琉璃光菩薩放青光至釋迦座前，此光即名智慧。此服六度之藥得力而有光也。若服三觀上藥得力而有光，則此光本是般若，最能照破暗病，有大光明，但得之者淺深大小不同。日光明照，見種種色，則夜遊者伏匿，作務者興成，大人蒙其光用，嬰兒喪其睛明，是菩薩般若智光也。日既入已，則月能照夜，清涼朗燭，即《涅槃》月愛三昧也。夫日月若出，則爝火無庸，倘遇死魄、傍死魄。聖賢月沒，則惟賴星光。古云「春星帶草堂」，即星光照夜明也。若三光掩曜，則藉燈明。千年暗室，一燈能破。鑿壁分光，尚能作成人事，況然燈普照哉？燈或未燃，而中宵黑月，雲霧晦暝，則雖電光時促，亦能破暗。若光極小，而能照物成功，又如螢火之光也。藥師補處，位居亞聖，同心輔弼，故如日光、月光。而藥王、藥上，夙與藥師同業同心，名星宿光。疇昔太子初生，身光不息，乃名然燈、錠光。若世第一後心，一剎那引入見道，時節甚促，是名電光三昧。波離螢光，二乘螢火，以有法緣慈悲，隨世利物，故二乘之智，皆名螢火，不及日光也。如上所得光明，或折空，即空即假，分中不同，而只一般。若智光，分破三惑暗病，以顯三諦妙理，所謂無為法而有差別也。若極果藥師名瑠璃光，則與西方無量光同一，徹晝夜以長明、亘古今而朗曜，究顯大光明藏之般若德也。問：既是同顯般若，何不同名無量光耶？答：瑠璃具足，應云吠瑠璃，翻為青帝寶。藥師在東方，東方屬青，故色宜青。況震方為羣動之首，甲木又發生之象，以藥治病，貴乎起死回生，不當同金方肅殺之號也。此由法題中了因大願發心而成之般若德。
如來者，即法身本體，乃法題中本字。蓋以境如如智、智如如境，境智冥一、境智雙忘，而隨緣感叩，來成正覺，廣治眾病。若成應身如來，則用戒定慧析體即空智藥，以治眾生報業見思之病，為藏通藥師。若成報身如來，則用三事出假道種智藥，以治眾生塵沙諸病，為別教藥師。若成法身如來，則用一心三觀智藥，治眾生無明重病，為圓教無上藥師也。由此三如來，方能用三智光藥，以治眾生三障之病，得三藥師之號。有此三智藥，徧治法界三障，方成三如來之身。三法相須，缺一不可，合則雙美、離則兩傷矣。又三如來即法身本體具三，三般若即般若瑠璃光具三，而三藥師又功用解脫具三。三各具三，離之成九，而一一三中，互有主賓傍正不同。如傳佛心印所明，則雖九而三，三即是一，合離自在，成圓三德也。
本願功德，即上三德果人所成圓融三法，亦由此圓融三法能成三德果人。本即法身正體，或名本真、本性、本心、本覺、本源、本際、本體、本地、本來、本智、本願、本明、本根、本然、本法、本有、本如來藏、本地，甚深不同，而只指至聖究盡圓滿德本。若欲依本造修，不無詮次，所謂本因、本果、本國土、本壽命、本涅槃、本感應、本神通、本說法、本眷屬、本利益。書云：「君子務本，本立而道生。」故凡自行因果、化他能所，均不離斯法身大本也。十方菩薩，因究竟此本，故名如來，即別文中諸佛甚深行處是也。願即了因之宗，如上正因經體，雖十界本周，若無了因發心，則素法身天人忽劣，要須修成報智，始為奇特。今以四弘誓願，六度熏修，福慧莊嚴，則本覺彰，而了因般若之光亦稱本無盡，名瑠璃光矣。經云：「無量菩薩行，無量菩薩願」是也。功德二字，乃宗成妙用。世間諡法，祖有功而宗有德，則以滅惡拔苦為功，撫字生善為德。如來因中，以王三昧力，遍破三障之惡，遍生三德之善。境智冥後，復以本功德藥，遍治眾生三障病苦，普與眾生三德妙樂。凡經中聞名、受持、神呪等項，率以拔苦與樂為言，而普令一切皆得翛然累表之大解脫。夫病去飛昇，苦盡樂證，是法藥得力，而醫王奏功矣，故褒之以藥師之號也。是則由因中與拔功德而成藥，即由因中願行莊嚴而顯瑠璃光，由因中修不離性，萬行得本，而成果上如來也。非三德之妙法，不能成三法之妙人；非極果妙人，不能弘圓融三法。人法雖異，秘藏實同也。又復應知人能弘道，非道弘人，故人題居先，而法名殿之。問：此經既始終只一三法秘藏，胡宗體之言少，而功用之言多耶？須知如來歷劫修證，境智內冥，如人飲水，冷煖自知，不必委示。縱為盲人說乳，何益無目者哉？故不須多說，略點即足。至於同體大悲，果後方便，只為拔生之苦、與生之樂，是以功德妙用理當委明也。況兩楹之間，點出與拔宗本，令解一一無非宗成所起全體大用，則行行無非實相，事事均會妙宗。故多亦三德，少亦三德，政不在語言多少間也。
經者，別名。既同一三法，則通名經字，即教經、行經、理經，不言可知矣。具如《妙玄》、《觀經疏》。若稽此經來由，則釋迦說於方等時中，而宋孝武時，鹿野寺沙門慧簡初譯。隋大業十一年，達磨笈多同翻經沙門法行等，於東都洛水南上林園翻經舘重譯。至唐三藏法師玄奘，筆正流通，只有顯教，而無密呪。至唐義淨三藏法師，譯《七佛經》來，內有密呪。後人取義淨所翻神呪，及呪前數語，呪後乃至菩提等四百餘字，置玄奘本內，彌彰與拔用周，而顯密圓通矣。釋名竟。
二、以諸佛甚深行處為體，即是果人究盡寂光妙境。此境離塵，不屬因果，而為因果所依。如《華嚴》普光明智，《楞伽》自覺聖智。普智乃於等妙之後別立，則顯此境本非因果，而為等妙因果所依。即大乘因者，諸法實相；大乘果者，諸法實相。實相元非因果，而為因果所趣也。而云諸佛行處，顯非在迷共有素法身而已矣。須知共有實相，未嘗非體。但今日欲令行人依之起修，必當攬果覺而為因心，以無上寂光為觀體，不可仍說在迷通體，所謂取法於上也。諸佛即題中如來，行處即題中本字，餘俟釋文中明。
三、以願行方便為宗者，經云：「彼佛無量菩薩行，無量菩薩願，無量善巧方便，說不能盡。」願有總別，總則三弘，別分十二，莫非了因始覺觀照軌，所謂發僧那於始心也。行則六度，由之填願，由之顯體，由之克果，所謂終大悲以濟難也。如此因果，具有萬行眾願，復是圓頓上人所修，故云無量菩薩行，無量菩薩願。願行既窮，報智斯顯，成瑠璃光妙宗矣。又云無量善巧方便者，如來因中，以種種妙權方便斷惑證理，果成之後，復以種種大權方便，普度眾生，如十二大願，及聞名供養，均得利益等是也。
四、以與拔功德為用者，此經始終只明拔苦與樂，十二大願總依四諦，依道滅五願是生善與樂，依苦集七願是滅惡拔苦，至聞名功德中拔三毒惡與二善樂，受持供養中約廣略以明與拔功德，光中神呪則與拔竝申，經末雖似象季別轉報障偏於拔苦，然此悲體圓拔苦義必與樂，如是原始要終俱明與拔功德之用，而一一不離甚深行處，則無往而非全體大用，此用既薄如阿伽陀藥，沾之者必蒙解脫也。在法題則曰功德，在人題則曰藥師，不其然夫。
五、以大乘生酥為教相者，人法題名既同圓妙秘藏，則體、宗、用、法、義竝從圓起盡。現文一往判歸三教，而即諸佛行處，誰曰不即圓乘？釋總題竟。
△二、別文，分三：一、序，二、正宗，三、流通。今序。
如是我聞：一時，薄伽梵遊化諸國，至廣嚴城住樂音樹下，與大苾蒭眾八千人俱，菩薩摩訶薩三萬六千，及國王、大臣、婆羅門、居士、天龍八部、人非人等，無量大眾恭敬圍繞而為說法。
此五事通證諸經，而以遊化諸國，圍繞說法，兼得緣起序。薄伽梵，含自在、熾盛、端嚴、名稱、吉祥、尊貴六義，五種不翻中，多含不翻也。然不出佛名，而列薄伽梵者，有二義：一以顯世尊盛德彌多，一以表此經顯密具足，名含六義德多也。薄伽梵之名出密部，如《瑜伽》中曰巴葛瓦帝，或曰癹葛瓦，或曰薄伽伐帝，即是今薄伽梵義，但梵音有楚夏奢切之不同耳。良由今經不但顯本願功德，而復有密呪破惡之益，故存密部之號。遊化諸國，足見如來弊屣天下，無上道成，竟忘自己金輪尊貴，法王無上，而以同體大悲，入泥入水，悽悽惶惺，教化眾生，初不凝滯於一方一隅之繫戀。孔子為東西南北之人，蘇張為燕趙齊楚之客，正如蒼梧一片雲，或隨風而東，或隨風而西。《易》云：「不家食，利有事於四方」之謂。蓋大聖賢自覺己圓，復欲覺人，靡不舍己從人，隨緣攝化。書云：「予天民之先覺者也，予當以斯道覺斯民也。若匹夫匹婦，有一不蒙堯舜之澤者，若己推而置之溝中。」故不忍一日之席煖墨黟也。即化之一字，乃化有歸無，化生成熟，化凡入聖，化偏會圓，化權歸實，五時調停，一乘載導，皆仰如來四悉普化而成褫之也。諸國則通於十六，而嚴城則定於毗耶，樹下即說法親依之處。當時六年苦行，無上道成，藉乎草樹，及覓機擬法，則觀樹經行。今遊化息足，亦不離樹。葢塚間樹下，易起無常，且無覆葢係戀之累。故佛律中十二頭陀，率以塚樹為住止處。其猶孔子之杏壇乎，各有所取之矣。此樹在毗耶黎城，雖名樂音，未必稱實。但處隨法轉，境逐心移。若俗人至此，則惟苦風雨瀟瀟，思鄉千里，縱有好音，亦成苦境。所謂風聲鶴唳，俱是晉兵矣。今法王到處，雖櫛風沐雨，尚是住境。何況坐茂樹以終日，披雄風而微涼，自覺其風吟寶樹，將天樂而同繁矣。苾蒭草含五德，喻淨眾可知。常隨中苾蒭菩薩，如風虎雲龍，同佛威儀，固其宜矣。至於國王臣民，有國有家者，豈無正務，亦隨集樹下耶。須知悉達太子，乃金輪聖王，四方皈德，萬國來王。富有四海，貴為天子者，尚棄去尊貴，甘心苦行，況其下者乎。故其下王臣，莫不仰効法王，不躭富貴。所謂其君好發者，其臣決捨。如風行草偃，皆能輕家重法，從佛轉輪也。比如國王曰：「何以利吾國？」則大夫必曰：「何以利吾家？」而士庶人必曰：「何以利吾身？」上下交征利而不顧義矣。至於天龍八部，亦忘却自己多福多能、多嗔多伎，而為佛禦侮。正同如來初成正覺，在寂滅道場，四十一位法身大士，及宿世根熟天龍八部，如陰雲籠月一般，蕭蕭風木之下，儼然實報莊嚴土矣。樹名樂音，不亦宜乎。而為說法者，當是說西方本願功德，而為說東方本願功德之緣起也。
△二、正宗，二：一、問，又二：一、問佛名差別。
爾時，曼殊室利法王子，承佛威神從座而起，偏袒一肩右膝著地，向薄伽梵曲躬合掌白言：「世尊！惟願演說如是相類諸佛名號。」
爾時，指說《彌陀經》畢時也。如是相類，類即同也，謂同於西方如來名號也。
△二、問法門功德。
「及本大願殊勝功德，令諸聞者業障消除，為欲利樂像法轉時諸有情故。」
本願功德，即是問法門不同。「令諸聞者」下，乃出求說之意。意在大悲益人而請，非但好博喜多而已也。須知此問，即一經大破承題。初問佛名，即攝得題中藥師瑠璃光如來。次問法門，即攝得題中本願功德。向下如來開示一大卷經，只完得佛名、功德二章。至於像季轉報利樂，乃法門功德中事，非離題外別有所說。如此方顯總別相收，義只是一。或有離題別立除障利樂之說，則是總別徑庭，互不收攝。非徒文不如，而且理不是矣。
△二、答，三：一、贊許。
爾時，世尊讚曼殊室利童子言：「善哉！善哉！曼殊室利！汝以大悲勸請我說諸佛名號、本願功德，為拔業障所纏有情，利益安樂像法轉時諸有情故。汝今諦聽，極善思惟，當為汝說。」
為拔業障二句，乃釋明大悲勸請語。極善思惟者，以此經所說願行功德，雖似世諦淺近之談，要其旨歸，一一皆本諸佛甚深行處而來。當以實相心行世間事，則事事無非實相；以圓妙心聽佛說法，則法法無非圓妙。苟不善思，則恐墮於深經淺解，故當誡之。
△二、領旨。
曼殊室利言：「唯然！願說！我等樂聞。」
△三、正說，分二：一、答藥師琉璃佛號，二、答本願功德法門。今初。
佛告曼殊室利：「東方去此過十殑伽沙等佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光如來、應、正等覺、明行圓滿、善逝、世間解、無上士、調御丈夫、天人師、佛、薄伽梵。」
殑伽即恒河。《七佛經》中，從四殑伽數至第七尊，則正過十殑伽沙佛土。此河名天堂來，有二因緣：一、是天女下主此河，由神彰名，故名天堂來。《大品》中有〈河天品〉是也。二、由此河之水，從阿耨達池分流而下，發源處高，人民不測其源，故名此水為天堂來。秖如我土之水，皆由雪山發來，至積石山高峻，水入地中，行至黃河口上湧出，為中國水源。而世人亦不知其發源由來，但曰黃河之水天上來耳。夫下難測上，奚翅水哉？即今《西天目誌》載：「人居山頂，但見山下一片白雲中，作嬰兒鳴。而山下人，已見天上轟雷大雨，不可測識矣。」上答佛名竟。
△二、答本願功德法門，分二：一、正答本願功德，二、委明功德利樂。初又二：一、詳出十二大願，又三：一、標。
「曼殊室利！彼世尊藥師瑠璃光如來，本行菩薩道時，發十二大願，令諸有情所求皆得。」
△二、釋。凡諸別願，皆約四諦。願不依諦，名為狂願。故今佛十二，亦即四諦也。或謂十二願中，一一具四，則須於苦中增樂、樂中贅苦，扭合勉強，不順現文。現文灼然是四諦義，不可約混濫釋也。分三：一、依滅諦二願。
「第一大願：願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明熾然照耀無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相、八十隨形莊嚴其身，令一切有情如我無異。」
「第二大願：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴過於日月，幽冥眾生悉蒙開曉，隨意所趣作諸事業。」
此二願即佛道無上誓願成，熾然照耀，如淨瑠璃光明功德。焰網莊嚴者，正成報身佛道，如《華嚴》之雲臺寶網，《法華》之光明遍照身也。若論小乘四諦，以苦集滅道為次第，則藏教聲聞以苦為初門也，若緣覺以集為初門，菩薩以道為初門，通菩薩以滅為初門，別菩薩以界外道諦為初門。今是唯圓佛乘，故以界外無作滅諦為初門耳。
△二、依道諦三願。一、約慧明道。
「第三大願：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。」
智慧方便，即《淨名》「有方便慧解、有慧方便解」，權實二智悉皆具足故，能稱法界眾生所求，皆滿其願無令乏少。
△二、約定明道。
「第四大願：願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞、獨覺乘者，皆以大乘而安立之。」
安住菩提，安立大乘，即是安置諸子。秘密藏中未嘗不具三學，今以行邪道者入菩提道，即是令邪定聚眾生入正定聚，故為定學。《法華》云：「佛自住大乘，定慧力莊嚴，以此度眾生。」即是以九種大禪，禪即實相，而安立小乘，謂之智亦可，謂之定亦可。但前願是慧，後願是戒，判此屬定，上符佛旨，下順修行。又復《大涅槃經．聖行品》，唯以戒定慧三為證天行之因，今以戒定慧三為克滅諦之本，莫不一契。
△三、約戒明道。
「第五大願：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。」
《大經》根本十戒，具足三聚，所謂不破、不穿、不缺、不雜，乃至無上道戒。今言不缺，則舉律儀戒中一種事戒。次具三聚，則圓滿戒波羅蜜無上道矣。小乘空、有二宗，各釋不同。或云：戒屬心聚、色聚、非色非心聚，名三聚戒。今是大乘攝律儀、攝善法、攝饒益有情之三聚也。犯戒者必墮惡趣，如斷多羅才，更不復生。今以聞佛名故，不墮惡趣，則是兩種大緣而得懺悔：一者、最初元在藥師法中持戒功德；二者、聞藥師名，如阿伽陀藥，徧治眾病，故能起死回生，不墮大辟。上之三願，皆依道諦而發，所謂法門無量誓願學。言無量，則有八萬四千三昧、陀羅尼門、三十七道品、四教、六度不同。而今但出三學者，以此三學徧能攝盡一切法門故也。如《止觀》道品調適中辨，而集註中亦稍引示，檢之可知。但他經願學法門惟為自己，此經法門俱為利生，不同耳。問：既依《涅槃》及順修行，當以戒學為先，今何先慧？答：今是圓佛所修聖道，貴乎先得權實二智，普應眾生之求。況三學中，智能斷惑，智能證理，自行化他，此急先務，故居其首。
△三、依苦集共七願，為三：一、先出三苦。一、根缺。
「第六大願：願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋頑愚，盲聾瘖瘂，攣躄背僂，白癩顛狂，種種病苦，聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。」
△二、貧窮。
「第七大願：願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦，我之名號一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。」
△三、女身。
「第八大願：願我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願捨女身，聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。」
已上三願，并下十、十一、十二三願，皆眾生無邊誓願度之大悲拔苦。但此悲體圓，悲必具慈，故拔苦已莫不與樂。正藥樹一沾，不惟療瘵，且得飛昇。但與樂中益有淺深之別，根缺者即具諸根，貧窮者即得豐足，女身者即成丈夫，皆敵對相翻，屬對治、為人兩悉檀淺益；若成無上菩提，即第一義，深遠益也。
△二、間明集諦。
「第九大願：願我來世得菩提時，令諸有情出魔罥網，解脫一切外道纏縛。若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。」
此一依集諦發煩惱無盡誓願，斷一切纏縛種種稠林，正示煩惱無盡之相也。良由一妄之後，眾惑雲興，所謂五鈍、五利、十纏、十使、六十二見、百八煩惱，乃至八萬四千塵勞生滅，結縛眾生，沉淪苦海，無解脫時，故喻如稠林，目為纏縛耳。魔王著愛，多貪眷屬，嘗以彌天大網籠罩眾生。外道著見，如狂瀾颺起，觸境即生，牽生三有，令不得出，如稠林纏縛，故言魔外，則舉著見思之彌極者也。而藥師一名功德，能伏愛、見二論，遍破通別見、思，故云出網解脫也。問：藥師功德，但破見、思耶？答：三惑俱破，塵沙即是習氣，而無明名同體見、思，故但云破見思惑，則界內外三惑均消也。問：依集諦發，為有幾願？答：若依祖誥，惑與業俱，搆造眾罪，俱招感相，則下邊第十一造諸惡業，亦集諦攝。今以下願飢渴所逼，仍屬報苦，故即見思惑示集諦之體也。問：苦、集兩願，何多少不次？答：如來對境立願，隨便舉發，前後多少，皆無在也。今以集諦一願，間于拔苦六願之中者，正以見前後報苦，皆由惑造；若能斷惑，則如釜底抽薪，眾苦氷消矣。況言藥師，則以拔現報病苦為急先務，故拔苦備詳六種，而斷集只出一願。
△三、重出三苦，三：一、刑戮
「第十大願：願我來世得菩提時，若諸有情，王法所加，縛錄鞭撻，繫閉牢獄，或當刑戮，及餘無量災難陵辱，悲愁煎逼，身心受苦，若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。」
身心受苦句，是總結上一切諸苦，而對治中云解脫一切憂苦，乃謹對上身心二字。葢在心名憂，在身名苦，意根名憂，五根名苦，懼於後果為憂，嬰於現報為苦，求救無術名憂，痛苦切膚名苦故也。
△二、無食。
「第十一大願：願我來世得菩提時，若諸有情飢渴所惱，為求食故造諸惡業，得聞我名專念受持，我當先以上妙飲食飽足其身，後以法味畢竟安樂而建立之。」
安樂名涅槃，通於十界，如地獄有溫凊之安樂，亦名涅槃。乃至二乘偏空，涅槃皆不畢竟，獨如來名畢竟安樂涅槃也。建立者，對無食惡人而來，其本無安樂根性，今佛為之下種。無者尚與下種，況宿有善根者哉？
△三、無衣。
「第十二大願：願我來世得菩提時，若諸有情貧無衣服，蚊蝱寒熱晝夜逼惱，若聞我名專念受持，如其所好即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華鬘、塗香、皷樂、眾伎，隨心所翫皆令滿足。」
寶莊嚴具等，即實報土中，雲臺寶網，天衣妙觸。而如其所好，隨心滿足者，即《法華》各賜大車，〈普門〉隨類現身之意。如上拔苦六願，雖無輕重，然根缺貧窮女人，世間甚多，而犯刑凍餒，世間略少。大悲心中雖云等拔，而不無先多後少之宜。又復皆稱大願者，一一皆拔苦盡，一一皆成佛道也。
△三、結。
「曼殊室利！是為彼世尊藥師琉璃光如來、應、正等覺行菩薩道時，所發十二微妙上願。」
△二、結示功德莊嚴，三：一、結廣。
「復次，曼殊室利！彼世尊藥師琉璃光如來本行菩薩道時所發大願，及彼佛土功德莊嚴，我若一劫若一劫餘說不能盡。」
△二、示略，二：一、依報。
「然彼佛土一向清淨，無有女人，亦無惡趣及苦音聲，琉璃為地，金繩界道，城闕、宮閣、軒窓、羅網皆七寶成，亦如西方極樂世界，功德莊嚴等無差別。」
然者，從廣出略之詞。葢言功德廣大，雖說不能盡，然不妨撮廣大以略示依正之相，故云然也。亦無惡趣，亦如西方，正對最初文殊所問，惟願演說如是相類本願功德之問，又顯序中而為說法之句，乃說淨土法門矣。
△二、正報。
「於其國中有二菩薩摩訶薩，一名日光遍照，二名月光徧照，是彼無量無數菩薩眾之上首，次補佛處，悉能持彼世尊藥師瑠璃光如來正法寶藏。」
△三、勸生。
「是故，曼殊室利！諸有信心善男子、善女人等，應當願生彼佛世界。」
佛贊西方如來功德莊嚴已，極口相勸，發願往生。今東方既與西方等無差別，固當普勸，發願往生。
△二、委明功德利樂。已上但答藥師名號本願，而未委顯名願之下功德利益。故今約聞名、神呪、修供三端，委顯功德。復假解脫菩薩之請，而開示像季有情轉報脫苦之神騐。單複稠疊，宣揚發洩，大意只顯藥師如來名願內之功德二字，非名願之外別有所說，亦非總題之外別說像季利樂也。倘更離題別科，則為離本之枝，血脉不貫矣。問：前於本願之下，已出「功德莊嚴」四字矣，今胡重明？答：前但結成名號本願，非正明功德，故云說不能盡。略示其槩，如西方而已。何曾委明藥師與拔之能，功德之細哉？則知上文雖是結示，其意已是略標。至下重重委釋，於義更清。為二：一、聞修遍拔三障功德，二、像季別轉報障利樂。初又二：一、詳與拔功德，二、出功德宗本。初又三：一、約聞名以顯功德，二、約神呪以顯功德，三、約修供以顯功德。初又二：一、拔三毒功，為三：一、拔愚癡，為二：一、轉貪癡。拔三毒中，一一皆先出病苦根本之惑。次明因惑造業，因業感報，直至沉疴，勢在不救。然後以藥師一種名願之力，如阿伽陀藥，藥到病除，敵體相翻，起死回生，以顯其功。苦既拔已，即與妙樂，樂分淺深，或得生善，或得第一義，直至究竟而後已。以顯藥師名願之下，功德不貲，至矣盡矣。章章皆爾，不必細科。
爾時，世尊復告曼殊室利童子言：「曼殊室利！有諸眾生不識善惡惟懷貪恡，不知布施及施果報，愚癡無智闕於信根，多聚財寶勤如守護，見乞者來其心不喜，設不獲已而行施時，如割身肉深生痛惜。復有無量慳貪有情積集資財，於其自身尚不受用，何況能與父母、妻子、奴婢、作使及來乞者？彼諸有情從此命終，生餓鬼界或傍生趣，由昔人間曾得暫聞藥師瑠璃光如來名故，今在惡趣暫得憶念彼如來名，即於念時從彼處沒，還生人中得宿命念，畏惡趣苦不樂欲樂，好行惠施讚歎施者，一切所有悉無貪惜，漸次尚能以頭、目、手、足、血、肉、身分施來求者，況餘財物？」
貪恡愚癡是內惑，多聚財寶是貪之外相，勤加守護是恡之外相，自不受用是愚癡外相，皆業也。生餓鬼、傍生，即因貪恡之業以招報，因果不爽。昔時暫聞，今復暫念，即種有淺深，故獲分厚薄，然猶愈於不聞者矣。故此聞字，即曾染指藥師者也。昔時少捨，如割身肉，今捨血肉，如棄涕唾，凡聖霄壤矣。亦是經中字眼照暎之妙。
△二、邪見。
「復次，曼殊室利！若諸有情雖於如來受諸學處而破尸羅；有雖不破尸羅而破執則；有於尸羅軌則雖得不壞，然毀正見；有雖不毀正見而棄多聞，於佛所說契經深義不能解了；有雖多聞而增上慢，由增上慢覆蔽心故，自是非他，嫌謗正法，為魔伴黨。如是愚人自行邪見，復令無量俱胝有情墮大險坑，此諸有情應於地獄、傍生、鬼趣流轉無窮。若得聞此藥師瑠璃光如來名號，便捨惡行、修諸善法，不墮惡趣。設有不能捨諸惡行、修行善法，墮惡趣者，以彼如來本願威力，令其現前暫聞名號，從彼命終還生人趣，得正見精進，善調意樂，便能捨家趣於非家，如來法中受持學處，無有毀犯，正見多聞，解甚深義，離增上慢，不謗正法，不為魔伴，漸次修行諸菩薩行，速得圓滿。」
此屬僧倫法道流弊，直至邪見墮惡而後已。佛之所以必不捨此而令暫聞名號者，以其最初元于如來法中受戒定慧學處故也。餘皆可可知。
△二、慳妬。
「復次，曼殊室利！若諸有情慳貪、嫉妬、自讚毀他，當墮三惡趣中，無量千歲受諸劇苦；受劇苦已，從彼命終來生人間，作牛、馬、駝、驢，恒被鞭撻，飢渴逼惱，又常負重隨路而行；或得為人，生居下賤，作人奴婢，受他驅役，恒不自在。若昔人中曾聞世尊藥師瑠璃光如來名號，由此善因，今復憶念，至心歸依，以佛神力，眾苦解脫，諸根聰利，智慧多聞，恒求勝法，常遇善友，永斷魔罥，破無明殻，竭煩惱河，解脫一切生、老、病、死、憂、愁、苦、惱。」
嫉妬之相，起於慳貪，因貪利位，形於口四，則自贊毀他，如上官大夫之纔屈原是也。夫貪人財物，固當以身力血肉償他宿負，而恒不自在受他鞭打者，則當時強取人物，必以刀杖嚇取，或以謗令受累不安，故今又當以不自在受鞭打還之矣。
△三、瞋惡。
「復次，曼殊室利！若諸有情好喜乖離，更相鬬訟惱亂自他，以身語意造作增長種種惡業，展轉常為不饒益事，互相謀害，告召山林樹塚等神，殺諸眾生取其血肉，祭祀藥叉、羅剎娑等，書怨人名作其形像，以惡呪術而呪詛之，魘魅蠱道呪起屍鬼，令斷彼命及壞其身。是諸有情若得聞此藥師瑠璃光如來名號，彼諸惡事悉不能害，一切展轉皆起慈心利益安樂，無損害意及嫌恨心，各各歡悅，於自所受生於喜足，不相侵陵互為饒益。」
好乖喜離，即是嗔心內相。世人皆好和喜合，而此人嗔心所使，偏喜與人乖違遠離，時時欲害一切，與之為冤為仇。「更相鬬訟」下，即是嗔之外相。分二：一、陽起鬬訟，二、陰起毒害。葢陽力不足，而嗔心益盛，勢必至於告陰狀，呪起屍矣。復言更相互相者，正舉世間皆盲嗔對觸，無一有智慧人也。聞佛名而諸惡莫害者，指前所害之人，不受其害也。如〈普門品〉中所云。但今云皆起慈心互為饒益，較勝彼耳。慈心正治嗔障，而無嗔恨，即不喜乖離也。此中不出報病者，造罪至此，必墮三途，不言可知矣。拔三毒惡病以明藥功竟。
△二、生二善德，為二：一、助生淨善，又二：一、出機。
「復次，曼殊室利！若有四眾苾蒭、苾蒭尼、鄔波索迦、鄔波斯迦，及餘淨信善男子、善女人等，有能受持八分齋戒，或經一年或復三月受持學處，以此善根願生西方極樂世界無量壽佛所，聽聞正法而未定者。」
未定二字，乃是感叩藥師之機。
△二、示應，為二：一、遠生淨土。
「若聞世尊藥師瑠璃光如來名號，臨命終時有八大菩薩，其名曰：文殊師利菩薩、觀世音菩薩、得大勢菩薩、無盡意菩薩、寶檀華菩薩、藥王菩薩、藥上菩薩、彌勒菩薩。是八大菩薩乘空而來示其道路，即於彼界種種雜色眾寶華中自然化生。」
助往生中，或是淨土請主，或是西方輔弼，或是藥師同願，或是忍土儲君，皆同一願力，接引後昆之賢也可知。
△二、近生十善。
「或有因此生於天上，雖生天上而本善根亦未窮盡，不復更生諸餘惡趣。天上壽盡還生人間，或為輪王統攝四洲威德自在，安立無量百千有情於十善道。或生剎帝利、婆羅門、居士大家，多饒財寶倉庫盈溢，形相端正眷屬具足，聰明智慧勇徤威猛如大力士。」
家字不當作姑字讀。
△二、女轉男身。
「若是女人得聞世尊藥師瑠璃光如來名號，至心受持，於後不復更受女身。」
菩薩修行，至阿僧伽滿，方得離女身障。今聞佛名，即得遠離，其德何如哉？又生善中，雖但約報，然必具足內心因緣善業，始得克果。總科遍拔三障，意可知也。
△二、約神呪以顯功德。諸佛攝化，有顯、密二輪。如醫人治病，有丸、劑二藥。已上詳示本願功德，皆顯治眾生三障之病，生二善之德。如煎劑羅列，以教化狂子者也。脫有世智自用，嫌藥寒熱，妄生去取，而不肯服，則為搗篩和合，成一彈丸，於一塵內，具足眾氣，能服之者，功與顯同，故有密輪神呪之說。唐譯元無從此至「勿令癈忘」四百餘字。後人取《七佛經》中之文，而足於此。所以顯此經二輪竝運，合則雙美也。為三：一、示意，二、正說，三、結勸。今初。
「復次，曼殊室利！彼藥師瑠璃光如來得菩提時，由本願力，觀諸有情遇眾病苦，瘦𤼣乾消、黃熱等病，或被魘魅、蠱毒所中，或復短命，或時橫死，欲令是等病苦消除，所求願滿。」
乾消即渴消，病相如所害。《瑜伽》云：「一滴清涼水，能除飢渴消」是也。治病是功，所求願滿一句，即生善德。
△二、正說，二：一、入定。
時彼世尊入三摩地，名曰除滅一切眾生苦惱。既入定已，於肉髻中出大光明。
△二、說呪。
光中演說大陀羅尼曰：
「南無薄伽伐帝 鞞殺社 窶嚕 薜琉璃 鉢剌婆 喝囉闍也 怛他揭多耶 阿囉訶諦 三藐三菩提耶 怛姪他 唵 鞞殺逝 鞞殺逝 鞞殺社 三曼揭諦 莎訶」
密呪各有所為，天台大師約四悉檀釋，不必煩引。前已顯說本願功德無二無別，但約密談愈彰深秘，故顯了詮復秘密示耳。今且先消章句。前是皈敬之詞，亦通解脫。從「怛姪他」下，方是密語。南無翻皈依。薄伽伐帝，即通序初薄伽梵三字，名含六義，是故不翻。或云婆伽梵，或云婆伽伐，梵音楚夏也。前但三字，今多一帝字，是梵音引聲奢切也。密部中或云巴葛瓦，或發葛瓦帝，皆是此義。以由玄奘法師重歷五天，徧學梵音，故回唐新譯，音字稍異耳。鞞殺社窶嚕，即藥師。薜琉璃，又云吠琉璃，名帝青寶。鉢喇婆喝囉闍也，合讀之，即琉璃光世尊。怛他揭多耶，翻如來。阿囉訶帝，翻應供。三藐三勃陀耶，翻正徧知。聯絡其詞而讀之，則曰皈依具六義之藥師瑠璃光如來、應供、正徧知也。夫將說此呪，必先皈敬，既皈敬已，即當說之，故曰怛姪他。此三字翻為「即說呪曰」四字。「唵」字以下，是正說密言。下地難知，呪功在乎除苦滿願，呪體即是甚深行處。光中音聲朗朗，而初非文字之相；言外妙義泠泠，而亦不離文門顯寔。髻中放光，光非青黃赤白，非色而色，色而非色。今則聲而非聲，非聲而聲，不即不離，唯佛究竟。和盤托出，莫顯於斯。此一粒靈丹，徧治三障，惡疾頓長，地住法身。四悉釋者，約外相耳。
△三、結勸，二：初、略結功德。
爾時，光中說此呪已，大地震動，放大光明，一切眾生病苦皆除，受安隱樂。
除病是功，受樂是德。
△二、廣結勸修。
「曼殊室利！若見男子、女人有病苦者，應當一心為彼病人常清淨澡漱，或食、或藥、或無蟲水，呪一百八遍與彼服食，所有病苦悉皆消滅。若有所求致心念誦，皆得如是無病延年，命終之後生彼世界，得不退轉乃至菩提。是故，曼殊室利！若有男子、女人於彼藥師琉璃光如來至心殷重恭敬供養者，常持此呪勿令廢忘。」
病除是功，生彼世界是德，與前顯說功德孱齊。「是故」以下，又是勸詞也。約神呪以顯功德竟。
△三、約修供以顯功德。如上聞名持呪，但屬口耳之益。縱至九亦同彰，亦只名字開解而已。未起觀行薰修，究竟甚深行處難克。比如火宅煩渴，雖見清水，稍慰中心，若不挹飲，難解枯焦。故今重示修供、書寫、受持、解義等五品觀行修功，以求佛法性水，解無明渴，趣甚深理。夫聞名得益，是教經開解。修供功德，是行經起修。圓滿菩提，是理經證果。進由鴻漸，修分六即，自淺之深，法應爾也。為二：一、略示功德，二、廣顯功德。初又二：一、修供生善德。
「復次，曼殊室利！若有淨信男子、女人，得聞藥師琉璃光如來、應、正等覺所有名號，聞已誦持，晨嚼齒木澡漱清淨，以諸香華、燒香、塗香，作眾伎樂供養形像，於此經典若自書、若教人書，一心受持聽聞其義，於彼法師應修供養，一切所有資身之具，悉皆施與勿令乏少，如是便蒙諸佛護念，所求願滿乃至菩提。」
得聞名號，是牒已前聞名開解事也。「聞已誦持」下，是勸眾生依解起行，以求淨法性水，滌除五住煩惱也。然修行之下，必具生善滅惡功德，故師資互相酬酢而顯出之。行求願滿一句，即是略標生善之德，至下方廣示滿願之相，曰求富饒得富饒，求男女得男女等也。乃至菩提，即生善中之第一義益。斯為由行證理，證起行絕之理經矣。
△二、傳通滅惡功，為三：一、發願通經。
爾時，曼殊室利童子白佛言：「世尊！我當誓於像法轉時，以種種方便，令諸淨信善男子、善女人等，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，乃至睡中亦以佛名覺悟其耳。」
聞佛所說五等熏修，功德叵大，即發僧那流通寶號，以令永永聞修，俱至菩提。種種方便，即同觀音普門設化，現十界身而為說法，令得聞名。或為夫妻子女，善友知識，循循善誘，汲引令聞。乃至睡中者，乃至二字，超略之詞。或于春夏秋冬，或于行住坐立，語默作作等時，令得聞名。倘此人于上一切時處不能得聞，乃於睡中亦令得聞也。亦之一字，乃對非睡時說。睡處尚令得聞，況不睡時耶？足見文殊智巧悲深，不捨頑冥，必令度脫也。此有兩意：一者為愚癡凡夫數趨趨處，竟無片暇可度，宜于睡中令聞，而不於行住坐中為說也。二者惡人深執邪見，佛法難入，縱使為說，其亦輕忽而不信受。故于睡中點悟，則是清明之氣猶存，自然佛名可逗，而驚信忽生。如於沸湯取物，必假一碗冷水入處，下手可探也。所以一切賢聖，既於睡夢三界設化，多以夢幻法門度生。《金光明》夢金鼓而宣懺悔，《大涅槃》夢羅剎而進道心，《準提經》以夢吐黑飯為滅罪之相，方等經以夢十二王而入懺門，《地藏》則夢入地獄而大願陡發，《法華》夢證聖位而弘經相成，漢顯宗夢金人而流通像法，古國王夢臨刑以增進道心。二十年南柯太守，九十歲拜將封王。善哉！聖賢託睡夢以點醒夢人之妙法也，又焉知非文殊普門大願中之善巧方便耶？如上所引，睡中點化，亦具四悉檀益可知。
△二、傳通滅惡。
「世尊！若於此經受持、讀誦，或復為他演說、開示，若自書、若教人書，恭敬、尊重，以種種華香、塗香、抹香、燒香、華鬘、瓔珞、旛蓋、伎樂而為供養，以五色綵作囊盛之，洒掃淨處，敷設高座而用安處。爾時，四大天王與其眷屬及餘無量百千天眾皆詣其所，供養、守護。世尊！若此經寶流行之處有能受持，以彼世尊藥師琉璃光如來本願功德及聞名號，當知是處無復橫死，亦復不為諸惡鬼神奪其精氣；設已奪者，還得如故，身心安樂。」
以天王守護，故惡鬼不侵。
△三、法王印可。
佛告曼殊室利：「如是！如是！如汝所說。」
略示功德竟。
△二、廣顯功德。前略中但云修供，今則詳示儀式。前但云所求願滿，今則廣明富貴男女皆得。前但云不為惡鬼奪氣，今廣示滅惡諸相。故云廣顯修供功德也。為二：一、先出儀式。
「曼殊室利！若有淨信善男子、善女人等，欲供養彼世尊藥師瑠璃光如來者，應先造立彼佛形像，敷清淨座而安處之，散種種華，燒種種香，以種種幢旛莊嚴其處，七日七夜受八分齋戒，食清淨食，澡浴香潔，着清淨衣，應生無垢濁心、無怒害心，於一切有情起利益安樂、慈悲喜捨平等之心，鼓樂歌讚，右遶佛像。復應念彼如來本願功德，讀誦此經，思惟其義，演說開示。」
造像供養，是淨界結壇等事。「七日七夜」以下，是淨三業。而淨三業中大要，身論開遮，口論說默，意論止觀。受持齋戒是遮，澡浴淨衣是開，無垢濁怒害是止，慈悲平等是觀，誦經演說是說，思惟其義是嘿。意論止中，垢即貪心，濁即癡心，怒害即嗔心，謂須止三毒心也。亦即止觀中揀非顯是之法。
△二、正明功德，二：一、廣生善德。
「隨所樂求，一切皆遂。求長壽，得長壽。求富饒，得富饒。求官位，得官位。求男女，得男女。」
一切皆遂句，則該四教聖賢三昧辨才，願生佛國等出世正求。下四即遂世間淺淺富壽之求。此有二意：一是如來藏中富有萬德，雖淺求尚應，何況出世之深求者乎？二者如此倒求三界之法，聖賢所訶，而藥師皆遂者，足見如來善巧方便，漸次誘引之妙。蓋不信之人，不知出世妙道，但知求世間淺果富壽等事，以叩如來。如來若不遂其所願，則此人永無迴心向佛之日矣。故佛因其倒求，且遂倒願。願既遂已，方知敬佛，專心三寶，可以誘之出世矣。此獨藥師與觀音能為之也。近人不知此妙，竟約四教法門定慧，以釋富壽男女。夫一切皆遂句，已該出世四教定慧等矣。而更約出世四教以釋四求，則一彰佛有重煩之咎，二失如來善巧方便之妙。況以是求有益於得，求在我者，而結則將藥師妙應功德皆推開矣。可笑！
△二、廣滅惡功，為五：一、滅夢相諸惡。
「若復有人忽得惡夢，見諸惡相或怪鳥來集，或於住處百恠出現，此人若以眾妙資具，恭敬供養彼世尊藥師瑠璃光如來者，惡夢惡相諸不吉祥，皆悉隱沒不能為患。」
惡夢，如《金光明》夢日墮齒落，以喪幼子等。惡相，如《左傳》見良霄曰：「吾將殺帶，又將殺段」等。怪鳥來集，如買太傅見鵬鳥入戶等。百怪，如呂太台見趙王如意為蒼狗據腋，齊襄公見公子彭生為豕人立而啼等。所謂國家將亡，必有妖孽是也。若四夢、六夢、阿含十夢，於此不切，不必煩引。
△二、滅情無情怖。
「或有水、火、刀、毒、懸險、惡象、獅子、虎、狼、熊、羆、毒蛇、惡蠍、蜈蚣、蚰蜒、蚊、虻等怖，若能至心憶念彼佛恭敬供養，一切怖畏皆得解脫。」
水火等是無情之怖，惡象師子等是有情之怖，皆能殺身害命，故是大惡。若約〈普門〉七難七大而釋，則刀毒是地大，水火可知。懸險即空大，師象及侵擾反亂即見識二大。此皆滅世間之惡耳，不必約〈普門〉煩惱業報釋之。夫狂象無鉤，師子咬人，羆熊害命，虎狼食人，大怖可知。毒蛇。《搜神記》云：「嶺南蒙岫山中有蛇，見人輙碎為片片華塊。行人不知，捉其一塊，則皆合集嚙人。北地有蛇，能呼人名，人苟應之，夜來食人腦髓。」經中有七步蛇，傷之即死。惡蠍，俗名蠍虎，北地有之，南方則無。故劉禹錫被召，有「喜照壁間而見蠍」之詩。蘇子瞻回京，有「行有見蠍之喜」句。然人若觸之，則尾上有毒，最能傷人。唐開元間，有主簿以竹筒盛之，帶過江南，故南方亦甞甞而有。蜈蚣、蚰蜒，二俱喻嗔。夫嗔之起，皆主害人。《廣雅》曰：「蜈蚣性能制蛇，卒見大蛇，便緣而啖其腦。」《三教珠英》曰：「蜈蚣見蛇，能以氣禁之。」蚰蜒即蜓蚰，身赤多足，能緣壁。高麗寺殿壁，天雨輙滿矣。蚊虻微細，何足為怖？以藥師之力，但破蚊虻之怖，無乃大小乎？此有二意：一者，南直有露筋娘娘廟，相傳此方蚊子極大。昔有姑嫂二人，行至中途，天晚，嫂畏蚊，故就客人蚊帳而宿。其姑坐地受𧌃，至筋骨俱露而死。起廟祀之，以表貞節。是則蚊虻雖小，亦能傷人，為可怖也。二者，藥師當日修二十五王三昧時，以圓三觀，徧破二十五有見思、無明、惡業塵沙，功力叵大，無不破盡。如此小怖尚破，何況其大者哉？正師子撲物，皆用全力，不因怖小求佛，而佛即不救其苦也。如上生善中，富壽男女，皆遂同一意耳。當知與拔，通用不欺之力，方顯藥師大叩大鳴、小叩小鳴之神應無方。
△三、滅盜賊侵亂。
若他國侵擾，盜賊反亂，憶念恭敬彼如來者，亦皆解脫。
△四、滅破戒墮惡。
「復次，曼殊室利！若有淨信善男子、善女人等，乃至盡形不事餘天，惟當一心皈佛法僧受持禁戒，若五戒、十戒、菩薩四百戒、苾蒭二百五十戒、苾蒭尼五百戒，於所受中或有毀犯怖墮惡趣，若能專念彼佛名號恭敬供養者，必定不受三惡趣生。」
四百五百，律中無出，良由律文有未度者耳，不必強不知以為知，扭揑配也。
△五、滅產難極苦。
「或有女人臨當產時受於極苦，若能至心稱名禮讚、恭敬供養彼如來者，眾苦皆除，所生之子身分具足，形色端正，見者歡喜，利根聰明，安隱少病，無有非人奪其精氣。」
此經拔女人之苦有三，雖前後各言一端，合之必眾苦皆除也。結云無有非人奪氣，正與前文殊略明拔苦中不為惡鬼奪氣，緊緊照暎，乃如來說法起伏貫通之妙也。已上廣明與拔功德之用竟。
△二、出功德宗本。凡上所明，拔苦與樂，滅惡生善，雖稠疊廣略，互顯功德不同，皆屬化他之用。用若無體，即狂願妄行；用若無宗，即凡夫外道。故今點示正體，名諸佛甚深行處妙宗，即無量願行方便。宗體既立，則凡前後所明與拔功德，無非果後化他全體大用，有宗有本，非義襲而從之者也。為二：一、示甚深本體，二、示願行妙宗。初又為二：一、直示用即深體，二、復約三慧揀顯。今初。
爾時，世尊告阿難言：「如我稱揚彼世尊藥師瑠璃光如來所有功德，此是諸佛甚深行處，難可解了。」
功德即行處，乃點用即體。如水為波，如波為水，二本無二，全體大用也。六凡行處是三界，同如牢獄。二乘行處是泥洹，淺窄不深。菩薩行處可名為深，如云觀自在菩薩行深般若波羅蜜多時。然邊際之智未圓滿，三諦之境未究竟，不得名甚深。唯佛與佛，乃能究盡諸法實相，窮源極底，得名甚深行處。須知諸佛即一心三智，行處即三諦一境。如來最初以無緣智緣無相境，以無相境相無緣智。無緣而緣，無非三觀；無相而相，三諦宛然。境智雙忘，而言境智，則始木一合，如函葢相冥。正修得四德，本有四德，一一皆具常樂我淨，為十方諸佛所遊行處，名常寂光也。此境身土一如，色心不二。在境智契合時，名甚深行處。在空有雙亡時，即中道寔相。在一真無染時，名真如。在靈智普照時，名佛性。在三因究滿時，名泥洹。在染淨混融時，名法界。皆一體異名，揭寔相正印，為此經四章所歸之本體也。諸佛證此體已，從體起用，無緣與拔，普利含生，即名功德，乃全體大用，非用外有體、體外有用，二而不二、不二而二，則在前所明與拔功德，皆從此體而起，所謂無不從此法界流也。今點前與拔之用即佛行處，又無不還歸此法界也。在《法華》則名「如來入于無量義處」；在《圓覺》則名「入于大光明藏」；在《金光明》則名「遊于金光明甚深法性，過諸菩薩所行清淨」；在《涅槃》則曰「安置秘密藏中」；在《般若》則曰「以不住法住般若波羅蜜中」，無往而非境智一合中寔體德。然此正體，生佛本具，今言諸佛行處，則顯果上始本一合之妙覺正體，非含生在纏之素法身而已也。所謂十界本周誰不具，修成報智乃為奇耳。既是諸佛究盡行處，固非九界七方便所能仰窺，是以難可解了。或約迷中共有，而釋佛甚深行處，可謂不知輕重傍正，唯扯現成語言，填塞白紙，寧不混濫失旨乎？
△二、復約三慧揀顯。良由佛證寔處不屬九界，故約九界人難信、難解、難聞，往復問答，以顯此體高深。正與《法華》揀眾，《止觀》揀非意同也。為三：一、約難信顯體。信即思慧。蓋學而不思則罔，以由聞後善思，故能生信。若不善思，則生謗墮苦矣。豈非信即思慧哉？又三：一、問：
「汝為信否？」
△二、答，為二：一、仰信佛言。
阿難白言：「大德世尊！我於如來所說契經不生疑惑。所以者何？一切如來身、語、意業無不清淨。世尊！此日月輪可令墮落，妙高山王可使傾動，諸佛所言無有異也。」
仰信佛說不虗而已，非自能究盡諸法實相，於佛行處行也。故下佛云：「汝今能受，當知皆是如來威力。」
△二、不信墮惡。
「世尊！有諸眾生信根不具，聞說諸佛甚深行處，作是思惟：『云何但念藥師瑠璃光如來一佛名號，便獲爾所功德勝利？』由此不信返生誹謗，彼于長夜失大利樂，墮諸惡趣流轉無窮。」
△三、述成。
佛告阿難：「是諸有情，若聞世尊藥師瑠璃光如來名號，至心受持，不生疑惑，墮惡趣者，無有是處。」
佛謂但恐眾生夙無善根，不能聞名，則有誹謗墮苦之憂。若能聞名，則已於千萬佛所種善根者矣。自然聞已，即能至心受持，深信不疑。豈有聞後更生不信誹謗，以墮惡趣哉？故曰無有是處。此段言雖重聞，其實釋上難信之意。
△二、約難解顯體。解即修慧，深心修入，方能解了。如云唯除一生所繫菩薩，豈非修慧之極方能解入乎？
「阿難！此是諸佛甚深所行，難可信解，汝今能受，當知皆是如來威力。阿難！一切聲聞、獨覺及未登地諸菩薩等，皆悉不能如實信解，唯除一生所繫菩薩。」
此帶前未盡之意而來。曰：我之所以不敢深責眾生之信者，良由佛行深處，原非九界能窺，故計其但能聞名，已是圓解之人，難得難得者矣，何可論其信解也哉？即汝阿難，僅能領受我之語言，亦不過仗佛威神，如藕絲懸山，仰信不疑而已，豈汝自力能解佛境界乎？然又非阿難一人難解，即一切二乘方便菩薩，修慧未深者，皆難寔解。《法華》揀眾，實與此同，所謂境不親甞，事非目擊故耳。向下方打出，圓修將竟，一人方能解了，即一生所繫等覺後心菩薩也。言除非此人，方許能解。《楞嚴》明等覺後心，覺際入交，故能見佛所見。葢如來始本久圓，高居常寂光土，為度生故，寂照而出，從寔起權，以普鑒羣機。等覺菩薩，始覺方窮，上冥本覺，始本乍合，故照寂而入，以契證實體。一人由此而出，一人由此而入，于此覺際路上相交出入，一雖久見，一雖乍窺，同一見也。故云唯除一生所繫菩薩，乃能解了也。《法華》尚許信力堅固二人能解，今經唯許等覺修極一人，則知此經甚深實體，的是妙覺圓極果德，非生佛共有，在纏真如矣。釋經者，何不探清前後旨趣，顧乃煩引理即全迷之談，而浪注耶？
△三、約難聞顯體。
「阿難！人身難得，於三寶中信敬尊重亦難可得，聞世尊藥師瑠璃光如來名號復難於是。」
能聞尚是難難，何況能信能解。故以聞慧居後，反顯以前二慧叵得。既非九界所能聞信解了，即顯此體究竟圓極。從體起用，與拔功德，悉皆有本，亦究竟圓極，非下地能知也。
△二、示願行妙宗。
「阿難！彼藥師瑠璃光如來無量菩薩行、無量善巧方便、無量廣大願，我若一劫、若一劫餘而廣說者，劫可速盡，彼佛行願善巧方便無有盡也。」
且置彼佛實相之體，九界難窺。即彼佛修成因果之宗，佛說難盡。以九界難知顯體，以佛說難盡顯宗，極果法報，呈露盡矣。願即是因，所謂發僧那于始心；行即是果，所謂終大悲以濟難。一切聖賢大乘因果，總不出願行二端。凡願之總，乃四弘心。論願之別，即有無量。凡行之總，乃六度法。論行之別，遂有無量。別教明義，一即無量；圓人攪之，無量即一。乃依諸佛行處一乘之本，以起萬行因果之宗。則大乘因者，諸法寔相是。大乘果者，諸法實相是。此全體之宗，宗不離體，故諸佛窮劫說不盡也。若論善巧方便，應是與拔之用。今此乃如來願行中趣理斷惑之妙權，故亦屬宗。至于果後與拔，重重如前所明，方是宗成之用。此用由于宗成而起，果後化他，即非凡夫外道，煦煦孑孑，愛見慈悲矣。又復應知，此經前後，皆明功德之用，而特于兩楹之間點示宗體者，即有承前顯後之妙。前明與拔功德竟，隨示宗體，則顯已前與拔，皆宗成而起，全體大用，法法甚深，事事佛行。又顯已後別轉像季報障，亦全體大用，用不離宗。三法相須而不相離，離之三九，合之唯一，雖世間與拔，淺深功德，皆與實相不相違背也。天台大師深得佛意，故《觀經疏》於敘觀敘題兩楹之中點示宗體，為承前敘後之妙，東土迦文，信不誣矣。又復此經甚深行處，即首題中本字；能究盡之人，即如來；願行之宗，即題中願字；能行之人，即瑠璃光。前後所明與拔之用，即題中功德二字；能與拔之人，即題中藥師也。總者總于別，別者別于總，總別雖二，意義惟一。
△二、像季別轉報障利樂。前明與拔，則功德互陳，三障通捐，一真克證，不獨令諸聞者業障消除而已。今救橫死病苦，則惟拔報障現果，不關惑業二端。所謂病急治表，利樂像法轉時諸有情也。故先約廣略修供，以轉報障，使存亡利益，病苦安樂。然後委釋已盡報命復得延永者，由于橫死居多，故邀佛力，即能起死回生。況人多罪業，尤須廣修供養，庶幾苦報解脫。正明之後，復加結釋。藥師拔苦之功，至矣！盡矣！便須證護，以入流通。為二：一、正明轉障利樂，二、結釋轉供義意。初又二：一、略明修供轉障，二：一、正明，又二：一、出命終報苦。
爾時，眾中有一菩薩摩訶薩名曰救脫，即從座起，偏袒右肩右膝著地，曲躬合掌而白佛言：「大德世尊！像法轉時，有諸眾生為種種患之所困厄，長病羸瘦不能飲食，喉唇乾燥，見諸方暗死相現前，父母親屬朋友知識啼泣圍繞。然彼自身臥在本處，見琰魔使引其神識，至于琰魔法王之前。然諸有情有俱生神，隨其所作若罪若福皆具書之，盡持授與琰魔法王。爾時，彼王推問其人計算所作，隨其罪福而處斷之。」
先示報身病苦，至無可挽回，必死無疑。以顯供養藥師，如茅山一丸，即能起死回生之功効也。
△二、明修供轉報。
「時彼病人親屬知識，若能為彼歸依世尊藥師瑠璃光如來，請諸眾僧轉讀此經，然七層之燈，懸五色續命神旛，或有是處，彼識得還，如在夢中，明了自見。或經七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日，彼識還時，如從夢覺，皆自憶知善不善業所得果報。由是證見業果報故，乃至命難，亦不造作諸惡之業。」
旛名續命，如《阿含經》，阿育王因病，手自徧掛諸寺之旛，得延二十五年壽命，以得名也。若方等觀旛幢道具，是名慧觀。諸經論旛，一風轉得一轉輪王位，是明福德。今是禳災延壽之旛，用各不同。二、結勸。
「是故，淨信善男子、善女人等，皆應受持藥師瑠璃光如來名號，隨力所能恭敬供養。」
隨力則富羅天下之奇珍，窮盡一身之所有，初不責於豐儉，佛唯享于克誠也。
△二、廣明修供轉障，二：一、廣示修供儀式，二：一、問。
爾時，阿難問救脫菩薩言：「善男子！應云何恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來？續命旛燈復云何造？」
△二、答，二：一、示式。
救脫菩薩言：「大德！若有病人欲脫病苦，當為其人七日七夜受八分齋戒，應以飲食及餘資具，隨力所辦供養苾蒭僧，晝夜六時禮拜行道，供養彼世尊藥師瑠璃光如來。讀誦此經四十九遍，燃四十九燈，造彼如來形像七軀，一一像前各置七燈，一一燈量大如車輪，乃至四十九日光明不絕。造五色綵旛長四十九搩手，應放雜類眾生至四十九。」
須七日七夜持戒者，不同婬女持日戒，屠兒持夜戒矣。至七日夜則三業清淨，一切徼求可以感通成就，如胎中七日一增，初果七生斷惑，亡者七日一轉也。況七乃少陽之數，有生起之道，如七發中說楚太子至七，則太子之病霍然良已，今用此數正起病苦也。一一皆須至四十九者，必功用精進久而遂通，且大衍之數五十，其用四十有九，此乃起用之數，救病攸宜。造像七軀者，《七佛經》中藥師乃第七尊，今欲求其救苦，要須請其合志同方者戮力施功也。燈量大如車輪，正如今之樹燈。四十九搩手者，佛之手掌并指長一尺，則似宜長四丈九尺之旛，若并肋亦算之，則佛手長二尺，應用十丈之幡矣。隨便隨宜二俱無在。應放雜類眾生至四十九日者，前是上求三寶以竭敬田，此是下救眾生以盡悲田，蓋眾生被獲命在須臾，買而釋之如天恩大赦，各歸仁壽之域，德莫大焉。況眾生病夭由于殺生，今言放生即長壽因，以今之善易昔之惡，求脫病苦莫此為良。禮拜供佛既四十九日，則買命放生亦須四十九日，非謂四十九種眾生，又非安于長旛上之供物也。
△二、結。
「可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持。」
度厄，結前為種種患之所困厄，不為橫鬼所持，伏下邊九種橫死。此是經文前後照應處也。
△二、廣出所轉報障為，二：一、轉天子七難。
「復次，阿難！若剎帝利灌頂王等災難起時，所謂人眾疾疫難、他國侵逼難、自界叛逆難、星宿變怪難、日月薄蝕難、非時風雨難、過時不雨難。彼剎帝利灌頂王等，爾時應於一切有情，起慈悲心赦諸繫閉，依前所說供養之法，供養彼世尊藥師瑠璃光如來。由此善根及彼如來本願力故，令其國界即得安隱，風雨順時，穀稼成熟，一切有情無病歡樂，於其國中無有暴惡藥叉等神惱有情者，一切惡相皆即隱沒，而剎帝利灌頂王等，壽命色力無病自在皆得增益。」
天子四海為家，臣妾億兆，一人有慶，兆民賴之，四方有罪，在予一人。故歲祲民疫，皆君休戚所當急先求懺者也。且藥師之藥，先治此人者一，是責備賢者二，是一正君而天下定之道也。
△二、轉臣民眾苦。
「若帝后妃主、儲君王子、大臣輔相、中宮綵女、百官黎庶，為病所苦，及餘厄難，亦應造立五色神旛，然燈續明，放諸生命，散雜色華，燒眾名香，病得除愈，眾難解脫。」
陬爾臣民，皆無普天重任，故惟以病厄為憂耳。
△二、結釋轉供養意，為二：一、釋能轉所以。非謂能轉已盡之報，只由橫死，故能轉耳。此即釋明已上能轉之意也。為二：一、正示九橫，二、結指無量。初又二：一、略釋，為二：一、問，二、答。
爾時，阿難問救脫菩薩言：「善男子！云何已盡之命而可增益？」救脫菩薩言：「大德！汝豈不聞如來說有九橫死耶？是故勸造續命旛燈修諸福德，以修福故盡其壽命不經苦患。」
△二、廣示為二：一、問。
阿難問言：「九橫云何？」
△二、答，為二：一、委明初橫。
救脫菩薩言：「若諸有情得病雖輕，然無醫藥及看病者，設復遇醫授以非藥，實不應死而便橫死。又信世間邪魔、外道、妖孽之師，妄說禍福，便生恐動，心不自正，卜問覓禍，殺種種眾生，解奏神明，呼諸魍魎，請乞福祐，欲冀延年，終不能得。愚癡迷惑，信邪倒見，遂令橫死，入於地獄，無有出期，是名初橫。」
初橫中有三無醫藥：看病授以非藥，信邪倒造業。二是夙感，一是現造。現造猶重，所謂自作孽也。解奏神明者，解字其矮切，乃祭祀之書名。《莊子云》解曰：「牛之白鼻，豕之亢顙，人之有痔者，不以適河。」注云：「解者，祭祀之書名。」《漢書．郊祀志》云：「天子甞以孟春解祠，祠黃帝以一梟破鏡。」師古曰：「解祠者，謂祠祭以解罪求福也。」則不應讀作解(介)字矣。
△二、隨示八橫。
「二者、橫被王法之所誅戮；三者、畋獵嬉戲，躭婬嗜酒，放逸無度，橫為非人奪其精氣；四者、橫為火焚；五者、橫為水溺；六者、橫為種種惡獸所噉；七者、橫墮山崖；八者、橫為毒藥、厭禱、呪詛、起屍鬼等之所中害；九者、饑渴所困，不得飲食而便橫死。」
△二、結指無量。
「是為如來略說橫死有此九種，其餘復有無量諸橫，難可具說。」
橫既無量，則非命盡而夭者，亦無量矣。故須上求藥師，挽回復生也。
△二、結須供所以。
「復次，阿難！彼琰魔王主領世間名藉之記，若諸有情不孝五逆，破辱三寶，壞君臣法，毀于信戒，琰魔法王隨罪輕重，考而罰之。是故我今勸諸有情燃燈造旛，放生修福，令度苦厄，不遭眾難。」
以由人多罪業，故須修供求救，庶幾不遭眾難。
△三、流通，為三：一、證護。流通證者，因服藥師妙劑，轉大惡而為大善也。為二：一、藥叉證護。
爾時，眾中有十二藥叉大將俱在會坐，所謂宮毗羅大將、伐折羅大將、迷企羅大將、安底羅大將、頞你羅大將、珊底羅大將、因達羅大將、波夷羅大將、摩虎羅大將、真達羅大將、招杜羅大將、毗羯羅大將。此十二藥叉大將，一一各有七千藥叉以為眷屬，同時舉聲白佛言：「世尊！我等今者蒙佛威力，得聞世尊藥師瑠璃光如來名號，不復更有惡趣之怖。我等相率皆同一心，乃至盡形歸佛法僧，誓當荷負一切有情，為作義利饒益安樂。隨於何等村城國邑空閒林中，若有流布此經，或復受持藥師瑠璃光如來名號恭敬供養者，我等眷屬衛護是人，皆使解脫一切苦難，諸有願求悉令滿足。或有疾厄求度脫者，亦應讀誦此經，以五色縷結我名字，得如願已然後解結。」
十二，皆有七千，共成八萬四千。昔是兇惡塵勞生滅，今染指藥師神丹，三障頓轉，俱成八萬四千三昧總持妙善法門矣。如云我等不復更有惡趣之怖，即轉惡為善之明證也。縷結名字，此令病人感叩求護之法，得如願已，然後解結。此示必來救護之意，亦藥叉仰體藥師如來十二大願，普救眾生，上行下効之弘誓願也。
△二、如來印勸。
爾時，世尊讚諸藥叉大將言：「善哉，善哉！大藥叉將！汝等念報世尊藥師瑠璃光如來恩德者，常應如是利益安樂一切有情。」
△二、結名流通。
爾時，阿難白佛言：「世尊！當何名此法門？我等云何奉持？」佛告阿難：「此法門名說藥師瑠璃光如來本願功德，亦名說十二神將饒益有情結願神呪，亦名拔除一切業障。應如是持。」
雖有三名，正重教主，故以藥師人法為題，則冠葢始終，囊括初後，名能召實，莫善於斯。
△三、結益流通。
時，薄伽梵說是語已，諸菩薩摩訶薩及大聲聞，國王、大臣、婆羅門、居士，天、龍、藥叉、徤達縛、阿素落、揭路茶、緊捺落、莫呼洛伽、人非人等，一切大眾聞佛所說，皆大歡喜，信受奉行。
皆大歡喜是結益，信受奉行是流通。
藥師經直解(終)
No. 381-D 附錄梵文神呪(神呪輙持誦，則越諸佛三昧耶，要須從師傳持。)
藥師如來大真言
namobhāgavatebhaiṣaijyagurubhaituryaprabharajayatathāgatāyārhatesamyaksaṃbuddhāyatadyathāoṃbhaiṣaijyebhaiṣaijyebhaiṣaijyasamurgatesvāhā
藥師如來小真言
oṃhuruhurucathdārimatāṅgisvāhā
七佛藥師真言
tadyathākumakumaeṇimeṇihimaḥtimaḥtisiddhātathāgatasamattianteṣṭiteantemaḥntepalepāpaśotaṇisarvaprāpadasayabuddhebuddhoutaḥmeumekumebundhaḥkitrapariśādhaṇiddhāṃmeṇiddhāṃmemerumerumerucighalesarvaharamṛtunipraṇibuddhesubuddhebuddhaateśodhadedarakṣatumesarvandhevasameasamesamanahāṃraṃtumesarvabuddhāvodhisatvaśaṃmeśaṃmepraśaṃmaṃtumesarvaitiupadhavasarvavihadaiyasarvasatvanāṃcapulāṃṇipulaṃṇipulaṃyamesarvaaśoveruriyapratibhaṣesarvapāpacamyukaresvāhā
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